在合同中，协商约定并不绝对优先于特别约定，具体取决于合同条款的表述、合同目的以及相关法律法规的规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
合同条款的表述：
- 如果合同中明确规定了协商约定与特别约定之间的优先级关系，例如“本合同中，协商约定优先于特别约定执行”或“特别约定为本合同不可分割之部分，与协商约定具有同等法律效力，但冲突时以特别约定为准”，则应按照合同中的明确规定来执行。
- 若合同中未明确规定两者之间的优先级，则需要根据合同的整体解释原则，结合合同的其他条款、合同目的以及交易习惯等因素，来综合判断协商约定与特别约定之间的效力关系。
合同目的：
- 合同的目的是双方签订合同时所追求的法律效果。在解释合同条款时，应优先考虑合同目的的实现。如果协商约定更符合合同目的，且不违反法律法规的强制性规定，那么协商约定可能具有优先效力。
- 反之，如果特别约定更贴近合同目的，或者协商约定与合同目的相悖，那么特别约定可能更具优先性。
相关法律法规的规定：
- 在某些情况下，法律法规可能对合同中的某些条款有强制性规定。例如，对于消费者合同，法律法规可能规定某些条款必须以特定方式表述，或者对某些条款的效力有特别规定。在这种情况下，即使合同中有协商约定或特别约定，也可能因违反法律法规而无效。
- 因此，在判断协商约定与特别约定的优先级时，必须考虑相关法律法规的规定。
实际操作中的建议：
- 在签订合同时，双方应尽可能明确协商约定与特别约定之间的优先级关系，以避免后续争议。
- 如果合同中未明确规定，且双方对协商约定与特别约定的效力存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等方式解决。在解决争议时，应充分考虑合同的整体解释原则、合同目的以及相关法律法规的规定。
举例说明：假设一份建设工程合同中，既包含了双方协商确定的工程进度款支付方式（协商约定），又包含了合同附件中特别规定的工程质量保证金退还条件（特别约定）。如果合同中未明确规定两者之间的优先级，且在实际执行过程中发生了争议，那么就需要根据合同的整体解释原则、合同目的以及相关法律法规的规定来判断哪个约定更具优先性。
法律后果：如果双方未能就协商约定与特别约定的优先级达成一致，且未能通过协商、调解等方式解决争议，那么任何一方都有权向法院提起诉讼。法院将根据合同的具体内容、合同目的以及相关法律法规的规定来作出判决。
综上所述，合同中的协商约定并不绝对优先于特别约定。在处理此类问题时，应综合考虑合同条款的表述、合同目的以及相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。