结论：农村邻居将房屋出租用于充棉厂是否合法，需结合房屋性质、土地用途、环保要求及消防安全等多方面因素综合判断，具体分析如下：

1. 房屋性质与土地用途的合法性

• 宅基地房屋：若房屋位于宅基地上，根据《土地管理法》及《民法典》，宅基地使用权仅限于本集体经济组织成员自用，不得擅自改变用途用于非居住性经营（如工业生产）。若邻居将宅基地房屋出租用于充棉厂，可能涉及违法用地或违反宅基地管理规定。
• 集体建设用地房屋：若房屋位于集体建设用地上且已依法办理工业或商业用地手续，则出租用于充棉厂可能合法，但需确保租赁合同明确用途并符合规划。
• 农业用地房屋：若房屋建在农业用地上，未经批准改变用途用于工业生产，属于违法行为，可能面临拆除或罚款。

2. 环保与消防安全要求

• 环保审批：充棉厂可能产生粉尘、噪音等污染，需符合《环境保护法》及地方环保标准。若未办理环境影响评价手续或未采取污染防治措施，可能被责令停产整顿。
• 消防安全：根据《消防法》，厂房需满足消防安全标准（如疏散通道、消防设施等）。若房屋结构或布局不符合消防要求，可能被认定为安全隐患，禁止用于生产。

3. 租赁合同与相邻权保护

• 合同效力：若租赁合同未明确约定房屋用途为工业生产，或违反法律强制性规定（如宅基地用途限制），合同可能被认定无效。
• 相邻权纠纷：根据《民法典》相邻权条款，充棉厂的生产活动不得对邻居生活造成严重干扰（如噪音、粉尘）。若邻居提起侵权诉讼，可能面临赔偿或停产风险。

4. 行政许可与备案要求

• 工商登记：充棉厂需办理营业执照，若未登记或超出经营范围，可能被行政处罚。
• 规划许可：若房屋所在区域规划为居住区，擅自改变用途用于工业生产可能违反城乡规划法，面临拆除或罚款。

建议

1. 核查房屋与土地性质：要求邻居提供土地使用权证、规划许可证等文件，确认是否允许工业用途。
2. 审查环保与消防手续：要求邻居出示环境影响评价报告、消防验收合格证明等材料。
3. 协商或投诉：若充棉厂影响生活，可先与邻居协商解决；协商不成，可向当地环保、消防、城管等部门投诉或提起民事诉讼。

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