结论前置：针对您房契是他人名、拆迁人是您且买卖协议丢失，想让拆迁指挥部证明的情况，可尝试通过收集其他证据佐证、与拆迁指挥部沟通协商、申请政府信息公开等方式来达到目的。以下是具体分析：
收集其他证据佐证
- 交易过程证据：
- 尽管买卖协议丢失，但您可以回忆并收集与房屋买卖相关的其他证据。比如，您当时支付房款的凭证，如银行转账记录（若有银行转账，可到银行打印详细的转账流水，上面会显示转账时间、金额、双方账户信息等）、收条（如果对方曾出具过收条，即使原件丢失，若有复印件也能起到一定证明作用）。
- 交易时的聊天记录、短信记录等，如果当时与卖方就房屋买卖事宜有过沟通，这些电子数据可能包含关于房屋价格、交付时间等关键信息，能辅助证明买卖关系的存在。
- 居住使用证据：
- 长期居住在该房屋的证明，如水电费缴费记录（可到水电部门打印近几年的缴费清单，显示缴费地址为该房屋）、物业费缴费凭证等，这些能证明您实际占有和使用该房屋。
- 邻居的证人证言，邻居可以证明您一直居住在该房屋，且知晓您是房屋的实际使用人。不过，证人证言的证明力相对较弱，需要结合其他证据使用。
- 卖方认可证据：
- 如果可能，尝试与卖方沟通，让卖方出具一份书面声明，承认房屋已经卖给您，只是协议丢失。这份声明最好有卖方的签字和按手印，以增强其证明力。
- 若有其他知晓该房屋买卖事宜的中间人，如介绍买卖的中介等，也可以请他们出具相关证明。
与拆迁指挥部沟通协商
- 主动说明情况：
- 您可以亲自前往拆迁指挥部，向工作人员详细说明房屋买卖的情况，包括交易的时间、地点、价格等关键信息，以及买卖协议丢失的原因。同时，将您收集到的其他证据一并提交给拆迁指挥部，让他们了解事情的全貌。
- 请求协助调查：
- 向拆迁指挥部提出请求，希望他们能够协助调查该房屋的实际情况。拆迁指挥部在拆迁过程中，通常会对房屋的产权、使用情况等进行调查，他们可能有一定的渠道和方式来核实您的说法。
- 出具证明的协商：
- 在与拆迁指挥部沟通的过程中，诚恳地请求他们根据您提供的情况和证据，出具一份证明，证明您是该房屋的实际拆迁权益人。在协商时，要注意语气和态度，尊重他们的工作流程和规定。
申请政府信息公开
- 了解相关信息：
- 您可以向当地政府相关部门申请信息公开，了解该房屋拆迁的相关信息，如拆迁公告、拆迁补偿方案等。这些信息可能会间接证明您与该房屋拆迁的关系。
- 申请程序：
- 按照当地政府信息公开的申请程序，填写申请表，明确申请公开的信息内容和用途。政府相关部门在收到申请后，会在规定的时间内给予答复。如果申请的信息涉及第三方权益，政府可能会征求第三方的意见后再决定是否公开。
法律途径
如果通过上述方式无法解决问题，您可以考虑通过法律途径解决。例如，向法院提起民事诉讼，确认您对该房屋的权益。在诉讼过程中，您可以将收集到的证据提交给法院，由法院进行审理和判决。不过，法律诉讼程序相对复杂，耗时较长，您需要做好充分的准备。