结论：在拆迁协议已签订且不动产证书遗失的情况下，通常应由房屋的所有权人（即被拆迁人）去办理遗失证明，但具体办理流程可能因地区和政策而异，以下为详细分析。
分析说明：
办理遗失证明的主体：
- 房屋所有权人：根据不动产登记的相关规定，不动产证书是房屋所有权的法律凭证。因此，当不动产证书遗失时，原则上应由房屋的所有权人，即被拆迁人，负责办理遗失证明。这是因为被拆迁人是房屋的合法所有者，对房屋的相关证件负有保管责任。
- 特殊情况：如果被拆迁人因特殊原因（如年老体弱、行动不便等）无法亲自办理，可以委托他人代为办理。此时，需要提供被拆迁人的授权委托书以及代办人的身份证明等相关材料。
办理遗失证明的流程：
- 报失：首先，被拆迁人（或其委托人）需要向当地的不动产登记机构报失，说明不动产证书遗失的情况。
- 公告：不动产登记机构在受理报失后，通常会在指定的媒体或网站上发布遗失公告，以公告期满无异议为前提，进行后续的补办手续。
- 补办：公告期满后，被拆迁人（或其委托人）可以携带相关材料（如身份证明、报失证明、公告等）到不动产登记机构申请补办新的不动产证书。
拆迁协议签订后的影响：
- 拆迁协议与不动产证书的关系：拆迁协议是拆迁人与被拆迁人之间就房屋拆迁事宜达成的协议，它并不直接涉及不动产证书的补办。但是，在拆迁过程中，不动产证书是证明房屋所有权的重要文件，因此其遗失可能会影响拆迁的顺利进行。
- 拆迁人的协助义务：虽然拆迁人不是办理遗失证明的直接主体，但在拆迁过程中，如果被拆迁人因不动产证书遗失而遇到困难，拆迁人可以在一定程度上提供协助，如提供必要的证明材料或指导被拆迁人办理相关手续。
特殊场景：
- 如果房屋已经拆迁完毕：在这种情况下，即使不动产证书遗失，也可能不再需要补办。因为房屋已经拆迁，原不动产证书所证明的房屋已经不存在，此时更重要的是处理拆迁补偿等相关事宜。但是，如果后续需要证明房屋的原所有权情况，可能仍然需要办理遗失证明或相关手续。
- 如果涉及继承或赠与等情形：在房屋拆迁前，如果房屋的所有权已经发生变更（如通过继承或赠与等方式），那么新的所有权人应负责办理不动产证书的遗失证明和补办手续。
行动建议：
- 及时报失并公告：一旦发现不动产证书遗失，应立即向当地的不动产登记机构报失，并按照要求发布遗失公告。
- 准备相关材料：在办理遗失证明和补办手续时，需要准备相关的身份证明、报失证明、公告等材料。
- 咨询当地政策：由于不同地区的政策和流程可能存在差异，因此在办理前最好先咨询当地的不动产登记机构或相关部门，了解具体的办理要求和流程。
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