结论：事隔两年后做司法鉴定并起诉乙方，在符合法定条件的情况下是合法的，但可能面临诉讼时效、证据收集等方面的挑战。

一、诉讼时效问题

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在打架导致双方受伤的情况下，如果甲方在事发时就知道或应当知道自己的权利受到了损害，并且知道或应当知道损害是由乙方造成的，那么诉讼时效通常从此时开始计算。

• 如果诉讼时效未过期：甲方在事隔两年后进行司法鉴定并起诉乙方，仍然在诉讼时效期间内，因此起诉是合法的。
• 如果诉讼时效已过期：甲方在事隔两年后起诉，可能已经超过了诉讼时效期间。此时，乙方可以提出诉讼时效抗辩，如果法院认定诉讼时效确实已过期，将驳回甲方的诉讼请求。但需要注意的是，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如甲方曾向乙方主张过权利、乙方同意履行义务等），诉讼时效可能会重新计算或暂停计算。

二、司法鉴定问题

司法鉴定是确定损害程度、因果关系等关键事实的重要手段。在打架导致双方受伤的情况下，进行司法鉴定有助于明确双方的责任和损害程度。

• 司法鉴定的合法性：甲方在事隔两年后进行司法鉴定，并不违反法律规定。只要鉴定机构具备相应的资质和条件，鉴定程序合法，鉴定结果就可以作为证据使用。
• 司法鉴定的效力：然而，需要注意的是，随着时间的推移，一些证据可能会灭失或变得难以收集。因此，甲方在进行司法鉴定时，可能需要面临证据收集方面的挑战。如果鉴定结果无法充分证明乙方的过错或损害程度，可能会影响甲方的诉讼请求。

三、起诉的合法性及建议

• 起诉的合法性：从法律程序的角度来看，甲方在事隔两年后起诉乙方并不违反法律规定。只要符合起诉条件（如原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由等），法院就会受理。
• 建议：
  1. 及时咨询律师：在起诉前，甲方应咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及起诉可能面临的法律风险和后果。
  2. 收集证据：甲方应尽可能收集与案件相关的证据，如医疗记录、证人证言、现场照片等，以支持自己的诉讼请求。
  3. 注意诉讼时效：甲方应关注诉讼时效问题，确保在诉讼时效期间内提起诉讼。如果存在诉讼时效中断或中止的情形，应及时向法院说明。
  4. 考虑和解或调解：在起诉前或诉讼过程中，甲方可以考虑与乙方进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。

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