针对您提出的“非法经营自首会留案底吗以及如何处理”的问题，我将结合相关法律知识和实际情况，为您做出详细解答。
一、自首与案底的关系
首先，需要明确的是，自首本身并不会直接导致案底的产生。案底，通常指的是犯罪记录，即经人民法院判决有罪并被永久存档的情况。自首是犯罪嫌疑人在犯罪后，主动投案并如实供述自己罪行的行为，这是一项法定的从轻、减轻处罚情节。对于犯罪较轻的自首分子，甚至可以免除处罚。但自首后，是否会留下案底，关键在于后续的司法程序和法院的判决结果。
二、非法经营自首后的处理流程
投案自首：非法经营行为的犯罪嫌疑人在得知被调查或意识到自己的行为可能构成犯罪后，选择主动到公安机关投案，并如实供述自己的非法经营行为。这是自首的关键步骤。
公安机关侦查：公安机关会对自首的犯罪嫌疑人进行侦查，收集相关证据，包括非法经营的具体行为、违法所得数额、危害后果等。这些证据将作为后续司法程序的重要依据。
检察院审查起诉：侦查终结后，公安机关会将案件移送检察院审查起诉。检察院会对案件进行全面审查，包括犯罪嫌疑人的自首情节、犯罪事实、证据等，并决定是否提起公诉。
法院审判：如果检察院决定提起公诉，案件将进入法院审判阶段。法院会根据犯罪嫌疑人的犯罪情节、自首情节、社会危害程度等因素，进行综合判断，并作出有罪或无罪的判决。
三、是否会留下案底
有罪判决：如果法院最终判决犯罪嫌疑人有罪，那么犯罪嫌疑人就会留下案底。此时，自首情节虽然可以作为从轻或减轻处罚的依据，但无法消除案底。
无罪判决或不起诉：如果自首后经调查发现情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪；或者在侦查过程中因证据不足等原因导致检察院作出不起诉决定，或者法院最终判决无罪，那么犯罪嫌疑人就不会留下案底。
四、特殊情况的处理
未成年人犯罪记录封存：对于犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的犯罪嫌疑人，其犯罪记录应当予以封存。这意味着，在特定条件下，未成年人的犯罪记录可以被视为不存在。
其他犯罪行为或隐瞒虚假陈述：如果自首后又有其他犯罪行为被发现，或者在自首过程中存在隐瞒或虚假陈述等情况，这可能会影响对其是否有案底的认定。司法机关会根据具体事实和法律规定进行综合判断。
五、建议
面对非法经营等法律问题，我建议您：
及时自首：如果意识到自己的行为可能构成犯罪，应尽快主动到公安机关投案自首，以争取从轻或减轻处罚的机会。
咨询专业律师：在自首前或自首后，咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
配合司法程序：在司法程序中，应如实供述自己的罪行，配合司法机关的调查和审判工作。这有助于您争取从轻或减轻处罚的机会。
综上所述，非法经营自首后是否会留下案底取决于后续的司法程序和法院的判决结果。自首本身是一项法定的从轻、减轻处罚情节，但无法直接决定是否会留下案底。因此，在面对法律问题时，建议您及时自首并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。