非法营运是否会留案底，取决于行为的性质及其法律后果，具体分为以下两种情况：

一、不会留案底的情况

1. 一般行政处罚：

   • 如果非法营运行为仅违反了行政法规，并未触及刑法，那么通常会受到如罚款、暂扣或吊销相关证件等行政处罚。
   • 这种行政处罚记录并不会在个人刑事档案中留下，即不会形成通常所说的“案底”。此类记录主要在行政机关内部留存，对大多数非特定领域的社会活动和发展影响相对较小。

2. 治安拘留但不构成犯罪：

   • 虽然公安机关可能对某些非法营运行为给予治安拘留处罚，但这种记录在性质上仍属于行政处罚范畴，并不等同于刑事犯罪记录。
   • 这种情况同样不会留下案底。但需要注意的是，该记录在公安机关长期保留，可能对报考公务员及特殊部门雇员的政审环节产生不利影响。

二、会留案底的情况

• 当非法营运行为情节严重，触犯刑法时，就会留下案底。例如，非法营运行为可能涉及非法经营罪等刑事犯罪。
• 一旦经法院审判被认定构成犯罪，个人就会有犯罪记录，即留下案底。这种情况下，案底将对个人的诸多方面产生深远影响，包括但不限于就业（特别是某些行业、岗位明确限制有犯罪记录人员入职）、参军、报考公务员以及子女报考军警院校政审等。

总结与建议：

• 非法营运是否会留案底，关键在于行为的性质和法律后果。为避免不必要的法律风险和社会影响，建议严格遵守相关法律法规，不从事非法营运活动。
• 如果已经涉嫌非法营运，建议积极配合相关部门的调查，并尽快咨询专业律师，了解自身的法律权利和义务，争取从轻或减轻处理。
• 有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和指导。