非法运营被拘留是否会留下案底，取决于拘留的性质以及最终的判决结果。具体来说，我们可以从以下几个方面进行分析：

一、行政拘留与案底的关系

1. 行政拘留的性质：行政拘留是针对违反行政管理法规但尚未构成犯罪的行为所采取的一种临时性强制措施。在非法运营的情况下，如果行为未达到犯罪标准，可能会面临行政拘留。
2. 行政拘留的期限：一般情况下，行政拘留的期限设置为15日内。当出现多种违法违规行为相叠加的情况时，总计的拘留期限最高也不能超出20天。
3. 行政拘留与案底：行政拘留虽然会对个人产生一定影响，例如留下违法记录，但这样的记录并不属于所谓的“案底”范畴。案底通常指的是因犯罪行为而被法院判定有罪后留下的记录。

二、刑事拘留与案底的关系

1. 刑事拘留的性质：刑事拘留是针对涉嫌犯罪的行为所采取的一种临时性强制措施。在非法运营的情况下，如果行为已经达到了犯罪的标准，并且被公安机关立案侦查，那么可能会面临刑事拘留。
2. 刑事拘留的期限：刑事拘留的期限通常不超过37天。这是针对公安机关在侦查环节中的最长期限规定进行的限制和约束。但需要注意的是，刑事拘留的期限并非决定是否留下案底的唯一因素。
3. 刑事拘留与案底：如果非法运营的行为最终被法院判定有罪，那么将会在其个人档案中记录下该污点事件，即所谓的“案底”。这样的案底将伴随其终身，对个人未来的生活和工作可能产生一定影响。

三、是否留下案底的关键因素

1. 行为的性质：非法运营的行为是否构成犯罪，是决定是否留下案底的关键因素。如果行为未达到犯罪标准，即使被行政拘留，也不会留下案底。
2. 最终的判决结果：即使面临刑事拘留，如果最终案件被撤诉或者以无罪释放的方式结案，那么通常情况下也是不会留下案底的。只有当被告人被正式提起诉讼且最终被判定为有罪时，其个人档案中才会出现相应的刑事犯罪记录。

建议：

• 如果您或您身边的人面临非法运营的指控，建议及时咨询专业律师，了解行为的性质以及可能面临的法律后果。
• 在面对行政拘留或刑事拘留时，应积极配合相关部门的调查工作，同时保护好自己的合法权益。
• 如果最终被判定有罪并留下案底，应正视这一事实，并努力通过合法途径改善自己的生活状况。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。