工程公司通过第三方公司办理资质增项是合法的。具体分析如下：
一. 合法性分析
- 法规允许：根据相关法律法规，并没有明确禁止工程公司通过第三方公司办理资质增项的规定。只要第三方公司具备相应的资质和条件，且按照合法合规的程序进行操作，就是允许的。
- 市场实践：在实际市场中，许多工程公司由于自身资源、经验或时间的限制，会选择委托专业的第三方公司来协助办理资质增项。这是一种常见的市场行为，也是合法的。
二. 注意事项
- 选择正规第三方：工程公司在选择第三方公司时，应确保其具备相关的资质和信誉，避免遭遇诈骗或违规行为。
- 明确合同内容：在与第三方公司签订合同时，应明确双方的权利和义务，特别是关于资质增项的具体内容、时间、费用等条款，以确保合同的合法性和有效性。
- 监督执行过程：在第三方公司办理资质增项的过程中，工程公司应保持关注并监督其执行情况，确保整个过程符合法律法规的要求。
综上所述，工程公司通过第三方公司办理资质增项是合法的，但需要注意选择正规的第三方公司，并明确合同内容和监督执行过程。如有进一步需要，您可以继续咨询我。