结论：合同变更导致租金降低，一般不能直接申请退还已缴纳的房产税，但可能存在特殊情形或后续调整空间，需结合具体情况分析。

1. 房产税的计税依据与租金的关系
   根据《中华人民共和国房产税暂行条例》，房产税的计税依据通常为房产原值或租金收入。若选择按租金收入计征（从租计征），则房产税=租金收入×税率（通常为12%）。合同变更导致租金降低，仅影响未来期间的房产税计算，已缴纳的房产税不会因后续租金调整而退还。税务机关的征税行为具有确定性，已完成的纳税义务不会因合同后续变更而追溯调整。

2. 可能涉及退税的特殊情形

   • 纳税义务起始时间错误：若原合同租金约定存在重大误解或欺诈，导致税务机关错误认定纳税义务起始时间（如提前征税），可申请更正并退还多缴税款。
     
   • 政策性减免或调整：若租金降低后符合地方房产税减免政策（如小微企业减免、疫情期间优惠等），可申请享受优惠，但需以政策发布时间为节点，不追溯已缴税款。
     
   • 程序性错误：若税务机关在征税过程中存在程序违法（如未依法送达通知、计算错误等），可依法申请行政复议或诉讼要求退还。

3. 实务建议

   • 核查合同变更程序：确保租金变更合同合法有效（如双方签字盖章、备案等），避免因合同无效导致税务风险。
     
   • 与税务机关沟通：携带变更后的合同、原纳税凭证等材料，向主管税务机关说明情况，咨询是否符合调整计税依据的条件。
     
   • 关注地方政策：部分地区可能出台临时性房产税减免政策（如针对商业用房租金下降的补贴），可主动申请。

总结：租金降低本身不直接触发房产税退还，但可通过核查纳税合规性、利用政策优惠等途径争取调整。建议结合合同变更的具体原因、地方税务政策及纳税程序，综合评估操作空间。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例。