针对您提出的“个体工商户整体转让并签署协议，所有应收应付款一起转交给对方后，有人起诉该怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，当个体工商户整体转让后发生纠纷，特别是有人起诉的情况，您应当首先回顾并依据双方签订的转让协议来处理。这份协议是双方权利和义务的基础，也是解决纠纷的重要依据。
一、协议处理
- 仔细审查协议：确认协议中是否明确规定了转让后应收应付款的处理方式，以及双方对于可能出现的纠纷的解决机制。
- 依据协议执行：如果协议中有明确规定，且对方起诉的内容与协议不符，您可以依据协议进行抗辩。
二、协商与调解
- 友好协商：在协议内容模糊或存在争议时，双方可尝试通过友好协商达成共识。这是最快捷、成本最低的解决方式。
- 申请调解：如果协商无果，您可以向当地工商行政管理部门、人民调解委员会或相关行业协会申请调解。由第三方协助双方解决分歧，调解结果通常具有较高的接受度。
三、仲裁与诉讼
- 仲裁：如果转让协议中约定了仲裁条款，或者双方同意通过仲裁解决争议，您可以依据仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方应遵守。
- 诉讼：如果上述方式均无法解决问题，或者对方坚持起诉，您可以依法向人民法院提起诉讼（或应诉）。在诉讼过程中，法院将根据事实和法律作出判决。
四、保留证据
在处理纠纷时，保留相关证据是关键。您应当妥善保存以下证据：
- 转让协议原件及复印件
- 交易凭证（如银行转账记录、收据等）
- 通信记录（如邮件、短信、微信聊天记录等）
- 其他与转让相关的文件或资料
这些证据将在协商、调解、仲裁或诉讼过程中作为重要依据，有助于您维护自己的合法权益。
五、专业咨询
鉴于法律问题的复杂性和专业性，我建议您在处理此类纠纷时，咨询专业的法律人士或律师。他们能够提供更具体、更专业的法律建议，帮助您更好地应对起诉和解决纠纷。
综上所述，当个体工商户整体转让后发生纠纷并有人起诉时，您应当首先依据转让协议处理，尝试协商与调解，必要时通过仲裁或诉讼解决，并始终保留好相关证据。希望这些建议能对您有所帮助。