违法事实行政立案后，一般按以下程序处理：

1. 调查取证阶段
   行政机关立案后，需在法定期限内（通常为30日，经批准可延长）完成调查。调查内容包括：
   

• 收集书证、物证、视听资料等直接证据；
  
• 询问当事人、证人并制作笔录；
  
• 委托鉴定机构对专业问题出具意见（如价格认定、环境损害评估）；
  
• 现场勘验并制作检查笔录。
  关键点：调查人员不得少于两人，需出示执法证件，当事人有权拒绝非法定程序调查。

1. 审查与决定阶段
   调查终结后，行政机关负责人需对调查结果进行审查，根据不同情形作出处理：
   

• 事实清楚、证据充分：依法作出行政处罚决定（如罚款、没收违法所得、责令停产停业等）；
  
• 证据不足：撤销案件或补充调查；
  
• 违法行为轻微：可作出不予处罚决定，但需书面说明理由；
  
• 涉嫌犯罪：及时移送公安机关，不得以行政处罚代替刑事处罚。
  法律依据：《行政处罚法》第57条明确规定审查标准，需避免“重实体轻程序”问题。

1. 告知与听证程序
   作出处罚决定前，行政机关需履行告知义务：
   

• 书面告知当事人拟处罚内容、事实依据、法律依据及陈述申辩权；
  
• 对较大数额罚款（通常为个人5000元以上、单位3万元以上）、吊销许可证等处罚，当事人有权要求听证；
  
• 听证需公开举行，当事人可委托律师参与，行政机关需根据听证笔录作出最终决定。
  风险提示：未依法告知听证权利的处罚决定可能被法院撤销。

1. 执行与救济阶段
   处罚决定生效后，当事人需在15日内履行（逾期将加处罚款或申请法院强制执行）。当事人可通过以下途径救济：
   

• 行政复议：自知道处罚之日起60日内向上一级行政机关申请；
  
• 行政诉讼：自知道处罚之日起6个月内向法院起诉；
  
• 执行和解：在执行阶段可与行政机关协商分期履行或减免加处罚款。
  典型案例：某企业因环保违法被罚50万元，通过行政诉讼成功撤销处罚，法院认定行政机关未充分听取企业申辩意见。

实务建议：

• 当事人收到《立案告知书》后，应立即整理相关证据（如合同、付款凭证等）；
  
• 调查阶段可要求执法人员出示证件并记录询问过程；
  
• 对处罚决定不服的，务必在法定期限内启动救济程序，避免丧失权利。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我提供材料，我将结合《行政处罚法》《行政强制法》等法规给出针对性意见。