针对您提出的“非法所得出资入股怎么处理”的问题，这是一个涉及法律多个层面的复杂问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，非法所得出资入股的行为是违法的，其出资行为不具有法律效力。这主要基于《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，即犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。当非法所得被用于出资入股时，该出资行为自然也应被认定为无效。
接下来，我们分几个方面来详细阐述处理方式：
一、刑事程序中的处理
追缴与没收：
- 司法机关（包括公安机关、检察院、法院）在刑事诉讼过程中，有权对查明的非法所得及其产生的收益进行追缴或责令退赔。
- 若入股资金被确认为非法所得，将依法追缴该资金及因入股产生的相应收益，上缴国库或返还被害人。
犯罪情节认定：
- 使用非法所得出资入股的行为，将被视为衡量犯罪嫌疑人犯罪情节的因素之一，反映其主观恶性和对法律秩序的破坏程度，从而影响量刑。
冻结与解除：
- 若股权被公安机关冻结，则无法转让，需等待法律程序的进一步处理。
- 在特定情况下，如需强制转让非法所得资金入股的股权，应依据公司法相关规定执行。
二、民事程序中的处理
公司内部关系：
- 若其他股东知晓或应知某股东的入股资金为非法所得，该入股行为可能被认定为无效。
- 其他股东可通过民事诉讼请求法院确认该股权无效，并从公司股权结构中剔除。
善意第三人权益保护：
- 为维护交易安全和善意第三人的合法权益，若善意第三人已支付合理对价并办理股权变更登记，其取得的股权一般不会被轻易否定。
- 但原非法所得入股的股东仍需依法承担责任，并被追缴相应款项。
三、行政程序中的处理
- 市场监管等行政部门在发现此类情况时，可根据具体情形对涉及非法所得入股的公司采取措施，如要求整改、暂停相关股东权益行使，直至问题妥善解决。
- 情节严重的，可对公司进行行政处罚，如警告、罚款等。
四、注意事项
- 在处理非法所得出资入股问题时，必须严格遵循法律法规，确保处理的合法性和公正性。
- 应明确区分非法所得与被害人的合法财产，及时返还被害人的合法财产，保障其权益。
- 对于违禁品和供犯罪所用的本人财物，应依法予以没收，消除犯罪的物质基础。
综上所述，非法所得出资入股的处理涉及刑事、民事和行政多个法律层面，需综合运用相关法律法规，确保处理的全面性、准确性和合法性。在处理过程中，既要严厉打击违法行为，又要保护合法权益，维护法律秩序和社会公正。希望这些解答能对您有所帮助。