事实上劳动关系超过2年，仍然可能存在合同纠纷。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同纠纷的存在性
劳动关系存续期间的合同问题：
- 即便劳动关系已经超过2年，只要劳动关系仍然存续，且存在如未签订书面劳动合同、合同条款违法或显失公平、合同未履行或未完全履行等合同问题，劳动者或用人单位均有权就相关争议提起仲裁或诉讼。
劳动关系终止后的合同遗留问题：
- 如果劳动关系已经终止，但存在如未支付经济补偿、未结清工资、未办理社保转移等合同遗留问题，劳动者仍有权在法定期限内（一般为劳动关系终止之日起一年内）提起仲裁或诉讼。
二、仲裁时效的考量
一般仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。但这并不意味着超过2年的劳动关系就完全无法就合同纠纷提起仲裁。
特殊情形下的仲裁时效：
- 拖欠劳动报酬争议：劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生的争议，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 未签书面劳动合同的双倍工资：若用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，应向劳动者每月支付二倍工资。该双倍工资的仲裁时效应自用工满一个月的次日起按月分别计算。若超过两年未签合同，超过部分的双倍工资诉求可能已过仲裁时效，但需具体分析有无时效中断、中止情形。
三、法律建议与措施
及时收集证据：
- 无论是劳动关系存续期间还是终止后，劳动者都应及时收集存在劳动关系、工资发放、工作证等相关证据，以便在仲裁或诉讼中作为有利依据。
关注时效中断、中止情形：
- 若在仲裁时效期间内出现当事人一方向对方主张权利、向有关部门请求权利救济等情形，仲裁时效会中断，从中断时起重新计算。因此，劳动者应关注这些可能影响时效的情形，并保留好相关证据。
寻求法律帮助：
- 面对合同纠纷，劳动者或用人单位均可寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到有效维护。
举例说明：假设某劳动者与用人单位建立了劳动关系，但超过2年仍未签订书面劳动合同。若该劳动者在劳动关系存续期间发现用人单位存在拖欠工资等违法行为，其仍有权在发现之日起一年内提起仲裁。若劳动关系已经终止，但存在未支付经济补偿等遗留问题，劳动者也应在劳动关系终止之日起一年内提起仲裁。
综上所述，事实上劳动关系超过2年，仍然可能存在合同纠纷。关键在于理解仲裁时效的适用规则，并及时采取法律措施维护自身权益。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。