在软件系统建设服务合同中，乙方是否需要承担甲方因系统遭受的损失，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定，不能一概而论地说合理或不合理。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度
明确约定乙方承担损失：
- 如果合同中明确约定了乙方需对甲方因系统问题（如系统故障、数据丢失等）遭受的损失承担责任，那么乙方在合同范围内确实需要承担相应的赔偿责任。这种约定是双方自愿达成的，具有法律效力。
未明确约定或约定免责：
- 如果合同中没有明确约定乙方需承担此类损失，或者约定了乙方在特定情况下免责（如因不可抗力、甲方操作不当等原因导致的损失），则乙方可能不需要承担赔偿责任。
法律法规角度
违约责任：
- 根据《民法典》的相关规定，如果乙方未能按照合同约定履行义务，导致甲方遭受损失，乙方可能需要承担违约责任。这种责任可能包括赔偿甲方因此遭受的直接损失和间接损失。
过错责任：
- 在某些情况下，如果乙方对系统问题存在过错（如设计缺陷、编码错误等），且这种过错导致了甲方的损失，乙方可能需要承担过错责任。这种责任通常要求乙方证明其没有过错，否则将承担不利后果。
公平原则：
- 即使合同中没有明确约定，根据公平原则，如果乙方因系统问题给甲方造成了重大损失，且这种损失与乙方的行为存在因果关系，法院或仲裁机构也可能根据具体情况判决乙方承担部分或全部赔偿责任。
实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订软件系统建设服务合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于责任承担和损失赔偿的部分。确保合同条款明确、具体，并符合双方的意愿和利益。
保留证据：
- 在合同履行过程中，双方应保留好与系统建设、使用、维护等相关的证据。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
协商与调解：
- 如果发生纠纷，双方应首先尝试通过协商或调解解决。这有助于维护双方的合作关系，并降低解决纠纷的成本。
法律途径：
- 如果协商或调解无果，双方可以通过法律途径解决纠纷。这包括向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
举例说明：假设一个软件系统建设服务合同中约定了乙方需对系统故障导致的甲方业务中断损失承担责任。如果在实际使用中，由于乙方的系统设计缺陷导致甲方业务中断数小时，造成了直接的经济损失，那么乙方根据合同约定可能需要承担相应的赔偿责任。
总结与建议：在软件系统建设服务合同中，乙方是否需要承担甲方因系统遭受的损失取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。因此，在签订合同时，双方应明确约定责任承担和损失赔偿的相关条款，并在合同履行过程中保留好相关证据。如果发生纠纷，应首先尝试通过协商或调解解决，必要时可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。