针对您提出的“租车公司对司机闯红灯违章会怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，租车闯红灯属于交通违法行为，其处理方式主要依据交通法规以及租车公司与租车人之间的合同约定。
一、责任主体确定
在发生闯红灯违章时，首先要确定责任主体。一般情况下，谁驾驶车辆闯红灯，谁就承担相应责任。租车公司会配合交警部门，通过车辆行驶记录、租车合同等证据来确定实际驾驶人。
二、违章信息通知
交警部门会将闯红灯违章信息录入系统，并通知租车公司。租车公司在收到通知后，会依据租车合同中的约定，及时通知租车人违章情况。这一步骤确保了租车人能够及时了解自己的违章行为。
三、缴纳罚款与扣分处理
缴纳罚款：租车人需携带本人驾驶证、身份证以及租车合同等相关材料，前往交警大队处理违章。确认违章信息后，在规定时间内到指定银行或通过线上渠道缴纳罚款。根据交通法规，闯红灯的罚款金额通常为200元。
扣分处理：闯红灯行为还会导致驾驶证被扣6分。扣分将记在实际驾驶人的驾驶证上，对驾驶人的信用记录和未来驾驶资格产生影响。
四、租车公司的追偿权利
若租车人未及时处理违章，租车公司可能会依据合同收取一定的管理费或滞纳金。此外，如果租车人在租车时明知自己可能会闯红灯却仍然租车驾驶，租车公司在承担了相应责任后，有权向租车人追偿全部损失。这包括但不限于罚款金额、管理费、滞纳金以及因违章行为给租车公司带来的其他经济损失。
五、特殊情况处理
存在一些特殊情况，如车辆因被前方大型车辆遮挡视线而误闯红灯，或者因避让特种车辆、执行紧急任务等特殊原因闯红灯。在这些情况下，如果有相关证据证明，经核实后可不认定为违章。若对闯红灯违章的判定有异议，车主可申请行政复议，通过查看监控视频等方式来进一步核实。
综上所述，租车公司对司机闯红灯违章的处理方式主要包括确定责任主体、通知违章信息、缴纳罚款与扣分处理、行使追偿权利以及处理特殊情况。作为租车人，在使用车辆过程中应严格遵守交通规则，避免发生违章行为。一旦发生违章，应及时处理并承担相应责任。