结论前置：未交付的工程若被投入使用，可能涉及工程质量责任、合同违约责任及行政处罚等多方面法律后果，需根据具体情况采取应对措施。以下是具体分析：

1. 工程质量责任风险

根据《民法典》第799条及《建设工程质量管理条例》，建设工程未经验收或验收不合格的，不得交付使用。若发包方擅自使用未交付工程，可能面临以下后果：

• 视为质量合格：根据司法解释，发包方擅自使用后，再以工程质量不符合约定为由主张权利的，法院可能不予支持（但地基基础/主体结构质量问题除外）。
• 质量保修期起算：擅自使用之日可能被认定为保修期起算日，承包方仅对地基基础/主体结构质量承担终身责任，其他部分保修责任可能因发包方过错而免除。

建议：
若为发包方，应立即停止使用并组织验收；若为承包方，需留存发包方擅自使用的证据（如照片、视频、书面通知等），避免后续被追责。

2. 合同违约责任

未交付即使用可能构成违约，需根据合同条款承担责任：

• 发包方违约：若合同明确约定“未经验收不得使用”，发包方擅自使用可能需支付违约金或赔偿承包方损失（如窝工费、材料差价等）。
• 承包方违约：若因承包方原因导致工程未按时交付，发包方使用后仍可追究其逾期交付的违约责任，但需注意证据固定（如催告记录、工期延误证明等）。

建议：
双方应核对合同条款，明确违约责任范围；若争议较大，可申请第三方机构（如造价咨询公司）对损失进行评估。

3. 行政处罚风险

根据《建设工程质量管理条例》第58条，建设单位未组织竣工验收或验收不合格擅自使用的，可处工程合同价款2%-4%的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。

建议：
发包方应尽快补办验收手续，向建设行政主管部门说明情况并提交整改报告，争取减轻处罚。

4. 实务操作建议

• 发包方：

  1. 立即停用工程，组织五方责任主体（建设、施工、监理、设计、勘察单位）进行验收；
     
  2. 若工程存在质量问题，委托第三方检测机构出具报告，明确责任主体；
     
  3. 与承包方协商签订补充协议，明确后续维修、付款等事项。

• 承包方：

  1. 书面通知发包方停止使用，并留存送达证据；
     
  2. 对已完工部分申请公证或第三方见证，固定现状；
     
  3. 若发包方拒不支付工程款，可依据《民法典》第807条主张优先受偿权（需在法定期限内行使）。

总结：未交付工程投入使用需区分责任主体，发包方可能承担质量风险及行政处罚，承包方需防范被追责风险。建议双方优先通过协商解决，若无法达成一致，应及时委托律师介入，通过法律途径维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我说明。