结论：贷款扣的利息作为项目资本金，在多数情况下不合法，但需结合贷款合同条款、资金用途及监管规定综合判断。以下从不同角度展开分析：
1. 从贷款合同性质角度
- 若贷款合同明确约定利息用途（如仅用于偿还本金或支付服务费），则将利息转作项目资本金可能构成违约。例如，流动资金贷款合同通常禁止资金用于项目投资，违反约定可能面临银行提前收贷、罚息等后果。
- 若合同未明确限制，但利息本质属于借款人成本支出，直接将其转为资本金可能涉及“变相挪用贷款”风险，需结合资金流向是否符合合同目的判断。
2. 从资本金监管要求角度
- 项目资本金需为“非债务性资金”：根据《国务院关于加强固定资产投资项目资本金管理的通知》（国发〔2019〕26号），资本金必须是项目权益人自有资金，不得通过贷款、债务融资等负债方式筹集。
- 利息属于债务成本：贷款利息是借款人因使用资金而支付的代价，本质为债务性支出。若将利息计入资本金，会导致资本金“名实不符”，可能被监管部门认定为违规（如发改委、银保监会对项目资本金的穿透审查）。
3. 从法律合规风险角度
- 行政处罚风险：若项目涉及政府投资或需审批的固定资产投资，违规使用债务资金作为资本金可能面临项目停建、资金撤回、行政处罚等后果。
- 刑事风险：在极端情况下，若通过虚构资本金来源骗取贷款，可能触犯《刑法》第175条之一（骗取贷款罪），但需以“重大损失”或“严重情节”为前提。
4. 例外情形：需满足严格条件
- 股东追加投资：若借款人通过股东增资方式，将利润或自有资金（含部分利息收入）转为资本金，且符合公司章程和工商登记要求，可能被认可。但需区分“利息收入”与“贷款利息”性质，前者为合法收益，后者为债务成本。
- 监管特许项目：极少数情况下，监管部门可能对特定项目（如政策性贷款）放宽资本金来源限制，但需以书面文件为准。
实务建议
- 审查贷款合同：明确资金用途、利息支付方式及违约条款，避免因合同违约引发纠纷。
- 合规使用资金：确保项目资本金来源为自有资金（如股东出资、留存收益），不得直接或变相使用贷款利息。
- 咨询监管要求：涉及政府投资或需审批的项目，提前与发改委、银保监等部门沟通资本金合规性。
如有具体项目或合同条款需分析，可直接提供细节，我将进一步结合法律条文和实务案例为您解读。