二审法院在符合相关法律规定和司法原则的情况下，有权变更一审案由的内容，这种做法是合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
法律依据与合法性基础
《最高人民法院关于印发修改后的〈民事案件案由规定〉的通知》：
- 该通知明确，人民法院在民事立案审查阶段及审理过程中，均可根据当事人之间实际存在的法律关系性质确定或变更案由。这为二审法院变更案由提供了直接的法律依据。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十五条：
- 该条款规定了判决书应当写明案由、诉讼请求、争议的事实和理由等内容，意味着案由的确定和变更需遵循法律程序，二审法院在审理过程中有权根据实际情况对案由进行变更。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十三条：
- 该条款规定，当当事人主张的法律关系性质与法院认定不一致时，法院应将此作为焦点问题审理，并允许当事人变更诉讼请求。这为二审中案由的变更提供了具体的操作依据。
变更案由的条件与限制
基于实际法律关系：
- 二审法院变更案由必须基于法庭查明的当事人之间实际存在的法律关系，确保准确认定法律关系，保障当事人的实质权益。
遵循法定程序：
- 变更案由应遵循法定程序，给予当事人充分的辩论机会，并对变更理由进行充分说明，避免影响当事人的诉讼权利。
避免滥用自由裁量权：
- 法院在变更案由时应有充分的事实和法律依据，不得滥用自由裁量权，确保变更案由的合法性和合理性。
变更案由的实践与原则
实践做法：
- 当一审案由与实际审理过程中查明的法律关系性质不一致时，二审法院有权且应当根据实际情况变更案由，以确保案件的公正审理和正确适用法律。
遵循原则：
- 变更案由是法院对原立案案由的修正行为，旨在准确反映当事人之间的争议焦点，提升司法效率和公信力。同时，二审法院的主要任务是审查一审对案件事实和法律的认定是否正确，而非重新确定案由，但在发现一审案由有误且影响审理结果时，可在纠正错误的同时审理案件。
变更案由的处理方式
调解：
- 在双方当事人同意的情况下，就新的案由进行调解，努力达成调解协议，避免案件因案由问题被发回重审或进入再审程序。
释明：
- 对于一审案由的错误，二审法院可向当事人释明，告知其另行起诉或在一审程序中申请变更案由的权利。若当事人坚持在二审中变更，且变更无实质性影响，法院可予接受并在判决中指明一审案由错误。
发回重审：
- 若一审案由错误严重，影响审理结果，导致一审判决错误，二审法院可裁定撤销原判，发回原审人民法院重审。
注意事项
二审主要任务：
- 二审法院的主要任务是审查一审对案件事实和法律的认定是否正确，而非重新确定案由。因此，原则上二审不允许直接变更案由，但若发现一审案由有误且影响审理结果，可在纠正错误的同时审理案件。
避免引入新争议：
- 二审中当事人试图变更案由往往意味着引入新的法律关系或争议焦点，这超出了二审的审理范围，也违反了二审终审制的审理原则。因此，二审法院应谨慎处理案由变更请求。
总结来看，二审法院在符合相关法律规定和司法原则的情况下，有权变更一审案由的内容，以确保案件的公正审理和法律的正确实施。在实际操作中，法院应严格遵循相关法律规定和司法原则，确保变更案由的合法性和合理性。如果您在行政诉讼中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。