行政协议赔偿中，一般不包含间接损失，主要赔偿直接物质损失，但在特定情形下，间接损失也可能获得部分或全部赔偿。以下是对此问题的详细分析：
一、行政协议赔偿中一般不包含间接损失
行政协议赔偿，本质上属于行政赔偿的范畴，主要是对因行政行为直接导致的物质损害进行赔偿。这里的直接损失，指的是因行政行为直接造成的现有财产的减少或灭失，如被违法拆除的房屋价值、被扣押财物的损坏等。而间接损失，则通常是指因直接损失而引发的其他损失，如可得利益的丧失等。
从法律规定和实践来看，间接损失往往难以确定其具体数额和因果关系。一方面，间接损失的发生可能受到多种因素的影响，难以直接归因于行政行为；另一方面，赔偿间接损失可能会导致赔偿范围的过度扩张，增加行政成本和司法负担。因此，在一般情况下，行政协议赔偿中并不包含间接损失。
二、特定情形下间接损失可能获得赔偿
尽管行政协议赔偿中一般不包含间接损失，但在某些特定情况下，如果间接损失与行政行为之间存在明确的因果关系，且该损失是可以合理预见的，那么间接损失也可能会在一定条件下得到部分或全部赔偿。
例如，如果行政协议的履行直接导致了企业预期利润的丧失，且这种丧失是可以合理预见的，那么企业可能会要求行政机关对其间接损失进行赔偿。然而，这种情况下，企业需要提供充分的证据来证明其间接损失与行政行为之间的因果关系以及损失的具体数额。
三、法律建议与风险提示
明确赔偿范围：在签订行政协议时，双方应明确约定赔偿范围，包括直接损失和间接损失的具体内容。这有助于在发生争议时，明确双方的权利和义务。
保留证据：如果认为自己的间接损失可能获得赔偿，那么应保留相关证据，如合同、发票、财务报表等，以证明其损失与行政行为之间的因果关系以及损失的具体数额。
寻求法律帮助：在处理行政协议赔偿问题时，如果遇到复杂或疑难的情况，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。
举例说明：假设某企业与政府签订了一份行政协议，约定政府为企业提供某项政策支持。然而，由于政府的原因，该政策未能如期实施，导致企业预期利润丧失。在这种情况下，企业可以要求政府对其间接损失进行赔偿。但企业需要提供充分的证据来证明其预期利润的丧失与政府行为之间的因果关系以及损失的具体数额。如果证据充分且合理，那么企业可能会获得部分或全部间接损失的赔偿。
综上所述，行政协议赔偿中一般不包含间接损失，但在特定情形下，间接损失也可能获得部分或全部赔偿。在处理此类问题时，建议明确赔偿范围、保留证据并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。