关于施工合同约定的超过3%的工程质量保证金效力问题，需结合法律规定与合同实际履行情况综合判断，具体分析如下：

一、法律对工程质量保证金比例的限制

根据《建设工程质量保证金管理办法》（建质〔2017〕138号）第七条：“发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。”
结论：若合同约定的保证金比例超过3%，则超出部分因违反部门规章的强制性规定而无效，但合同其他部分仍可能有效（需结合具体条款判断）。

二、超出3%部分的效力认定

1. 超出部分无效，但不影响合同整体效力
   根据《民法典》第一百五十六条：“民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。”
   示例：若合同约定保证金为5%，则超出3%的2%部分无效，但合同中关于质量标准、验收程序等条款仍有效。

2. 实际履行中的处理

   • 发包人已扣留超出部分：承包人可要求返还超出3%的保证金，并主张利息损失（需证明发包人存在过错）。
     
   • 发包人未扣留但约定存在：承包人可主张合同条款无效，要求按3%比例执行。

三、司法实践中的裁判倾向

1. 法院通常认定超出部分无效
   多数法院认为，《建设工程质量保证金管理办法》虽为部门规章，但旨在保护承包人利益、规范市场秩序，违反该规定的条款应属无效。
   案例参考：某法院判决中明确指出：“合同约定保证金比例超过3%的，超出部分因违反部门规章而无效，发包人应返还超额部分。”

2. 例外情形：若双方通过补充协议降低比例，或发包人自愿放弃超额部分，法院可能尊重当事人意思自治。

四、法律建议

1. 对承包人：

   • 签订合同时，明确约定保证金比例不超过3%；
     
   • 若合同已约定超额，可要求发包人出具书面承诺，明确按3%执行；
     
   • 发生纠纷时，及时主张超额部分无效，并保留相关证据（如合同、付款凭证等）。

2. 对发包人：

   • 避免约定超额保证金，以免引发纠纷；
     
   • 若需保障工程质量，可通过其他方式（如第三方检测、分期付款等）实现。

如有具体合同条款或纠纷情况，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。