自家菜院被划为永久基本农田，这一行为本身并不直接涉及合法与否的问题，关键在于划定的程序和依据是否合法。以下从几个方面进行详细分析：

一、永久基本农田的划定依据与程序

永久基本农田的划定是依据《土地管理法》及相关政策文件进行的，旨在保护耕地资源，确保国家粮食安全。划定过程中，需要遵循严格的程序和标准，包括土地调查、评估、规划、公示等环节。如果自家菜院被划为永久基本农田，那么这一划定行为应当是基于上述程序和标准进行的，且应当有明确的法律依据和政策支持。

二、划定行为的合法性判断

1. 程序合法性：

   • 划定永久基本农田需要遵循法定程序，包括土地现状调查、评估、规划编制、公示等。如果划定过程未遵循这些程序，或者程序存在瑕疵，那么划定行为的合法性可能会受到质疑。
   • 您有权要求相关部门提供划定永久基本农田的具体程序和依据，以确认划定行为的合法性。

2. 依据合法性：

   • 划定永久基本农田需要依据明确的法律和政策文件。如果划定行为缺乏明确的法律依据或政策支持，那么其合法性同样会受到质疑。
   • 您可以查阅相关法律和政策文件，了解划定永久基本农田的具体条件和标准，以判断自家菜院被划为永久基本农田是否符合这些条件和标准。

三、您的权利与应对措施

1. 查询与确认：

   • 您有权向当地自然资源部门或农业农村部门查询自家菜院被划为永久基本农田的具体依据和程序。
   • 如果发现划定行为存在程序或依据上的问题，您可以向相关部门提出异议或申诉。

2. 法律救济：

   • 如果您认为划定行为侵犯了您的合法权益，您可以寻求法律救济途径，如行政复议或行政诉讼等。
   • 在此过程中，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

四、特殊情况说明

• 如果自家菜院原本就是耕地，且符合永久基本农田的划定条件（如土壤质量、灌溉条件等），那么被划为永久基本农田可能是合理的。
• 如果自家菜院原本并非耕地，或者不符合永久基本农田的划定条件，那么被划为永久基本农田可能存在问题。在这种情况下，您更有必要查询划定依据和程序，并考虑采取相应的法律措施。

建议：如果您对自家菜院被划为永久基本农田有疑问或异议，建议首先向当地自然资源部门或农业农村部门查询具体依据和程序。如果发现划定行为存在问题，您可以及时提出异议或申诉，并考虑寻求法律救济途径。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽力为您提供帮助。