自然资源部门在某些情况下具有查处农民非法占用耕地建房职责的判决案例确实存在，但需注意，根据最新修订的《土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，已明确由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。不过，在《土地管理法》修订前或修订初期，自然资源部门仍承担此职责，以下是一个相关案例：

一. 案例概述

• 案情：某村民丁某未经批准，非法占用永久基本农田7.838亩，建设三幢住宅楼。
• 处理结果：自然资源部门（当时负责此职责）发现后，依法对丁某进行了查处。法院经审理认为，丁某违反土地管理法规，非法占用农用地，改变土地用途，且数量较大，造成农用地大量毁坏，构成非法占用农用地罪。最终，丁某被一审判处拘役6个月，并处罚金20万元。

二. 法律分析

1. 非法占用耕地建房的法律责任

   • 根据《土地管理法》第七十五条（现条款可能有所调整，但原则一致），占用耕地建房、破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正或治理，并可处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 在本案例中，丁某非法占用永久基本农田建房，数量较大，且造成农用地大量毁坏，因此承担了相应的刑事责任。

2. 自然资源部门的查处职责

   • 在《土地管理法》修订前，自然资源部门负责查处非法占用土地（包括耕地）建房等违法行为。
   • 修订后，虽然农村村民非法占用土地建住宅的查处职责转由农业农村主管部门行使，但在过渡期间或特定情况下，自然资源部门仍可能承担此职责，具体取决于地方政府的职能划分和法律规定。

三. 现实情况与建议

• 现实情况：随着法律法规的完善和政府职能的转变，农村村民非法占用土地建住宅的查处职责已明确由农业农村主管部门行使。自然资源部门则更多地承担土地规划、管理、保护等职责。
• 建议：对于农民非法占用耕地建房的问题，建议相关部门加强协作与配合，形成合力，共同打击违法行为。同时，加强法律法规宣传和教育，提高农民的法律意识和土地保护意识。

我的观点：虽然自然资源部门在某些情况下具有查处农民非法占用耕地建房职责的判决案例存在，但随着法律法规的完善和政府职能的转变，此职责已明确转由农业农村主管部门行使。在实际操作中，应严格遵循法律规定和职能划分，确保违法行为得到及时有效的查处。如有进一步需要，您可以继续咨询我。