在查处非法占用农用地行政案件时，可适用的法律法规主要包括以下方面：

1. 《中华人民共和国土地管理法》
   该法是土地管理领域的基础性法律，其中第七十七条、第七十八条明确规定了非法占用土地的法律责任，包括责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等行政处罚措施。针对农用地保护，第七十五条还规定了破坏种植条件行为的处罚标准。

2. 《中华人民共和国土地管理法实施条例》
   作为《土地管理法》的配套法规，第五十一条至第五十七条细化了非法占地行为的处罚程序，例如对逾期不改正的违法行为可按日加处罚款，并明确了罚款数额的计算标准（如每平方米100元至1000元）。

3. 《中华人民共和国刑法》及相关司法解释
   若非法占用农用地行为达到”数量较大”或”造成农用地大量毁坏”标准（司法解释规定基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），则可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，需移送司法机关追究刑事责任。

4. 《基本农田保护条例》
   针对基本农田这一特殊保护对象，该条例第十七条、第三十三条明确禁止占用基本农田发展林果业或挖塘养鱼，并设定了比普通农用地更严格的处罚措施，包括责令限期改正、罚款（上限为耕地开垦费的2倍）。

5. 地方性法规及政府规章
   各省市可能根据实际情况制定土地管理实施细则，例如《XX省土地管理条例》可能对临时用地审批、设施农业用地管理作出补充规定，需结合具体案发地法规适用。

实务提示：

• 查处程序需严格遵循《行政处罚法》规定的立案、调查、告知、听证、决定等流程
  
• 注意区分”非法占地”与”破坏耕地”的违法构成要件
  
• 涉及基本农田的案件应同步抄送自然资源主管部门备案
  

如需针对具体案件分析法律适用，可直接提供案情细节进一步咨询。