针对您提出的“农村在原有房产证的情况下重新改造，邻居百般阻挠，怎么起诉邻居”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在农村进行旧房翻新或改造时，相邻的邻居有提供必要便利的义务。这是基于《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，即不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
一、协商与调解
与邻居协商：
- 在遇到邻居阻挠时，首先可以尝试与邻居进行友好协商，了解他们的具体担忧和诉求，并尝试找到双方都能接受的解决方案。
向村委会反映：
- 如果协商无果，您可以向所在村的村委会反映情况，请求村委会进行调解。村委会作为基层群众自治组织，有责任和义务协助村民解决纠纷。
二、法律途径
如果协商和调解都无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
准备起诉材料：
- 在起诉前，您需要准备充分的证据材料，包括但不限于房产证、改造计划、邻居阻挠的证据（如录音、录像、证人证言等）以及您因此遭受的损失证明。
向人民法院提起诉讼：
- 您可以向当地的人民法院提起民事诉讼，要求邻居停止阻挠行为，并赔偿您因此遭受的损失。在起诉时，您需要明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
遵循法律程序：
- 在诉讼过程中，您需要遵循法律程序，如参加庭审、提交证据、进行辩论等。法院将根据双方提供的证据和法律规定，作出公平的判决。
三、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第二百八十八条：不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
- 《中华人民共和国民法典》第二百八十九条：法律、法规对处理相邻关系有规定的，依照其规定；法律、法规没有规定的，可以按照当地习惯。
- 《中华人民共和国民法典》第二百九十二条：不动产权利人因建造、修缮建筑物以及铺设电线、电缆、水管、暖气和燃气管线等必须利用相邻土地、建筑物的，该土地、建筑物的权利人应当提供必要的便利。
四、注意事项
- 在整个过程中，保持冷静和理性，避免与邻居发生冲突。
- 尊重法律程序，不要采取过激行为或违法手段来解决问题。
- 如果可能的话，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
综上所述，如果邻居在您合法改造房屋时进行阻挠，您可以通过协商、调解和法律途径来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。