针对您提出的问题“签的协议是一个公司，告知单是另外一个公司，是否合法有效”，这需要分情况讨论：
协议与告知单主体不一致，但存在合法关联或授权
- 合法有效情形：若协议中的公司与发出告知单的公司之间存在合法的关联关系（如母子公司、分支机构与总公司关系）或一方明确授权另一方代为履行合同义务、发出通知等，且该关联或授权在协议中有明确约定或事后得到双方认可，则告知单虽由另一公司发出，仍可视为协议履行过程中的合法行为，协议及告知单均有效。
- 法律依据：根据《民法典》中关于代理的规定，被代理人对代理人的代理行为，承担民事责任。若存在合法代理关系，则告知单的法律效力可及于协议公司。
协议与告知单主体完全不一致，且无合法关联或授权
- 可能无效情形：若协议中的公司与发出告知单的公司之间无任何关联关系，且未得到协议公司的明确授权或事后追认，则告知单可能被视为无权代理或表见代理（若相对方有理由相信告知单公司有代理权），此时协议本身可能有效，但告知单的法律效力存疑，可能不对协议公司产生直接约束力。
- 法律后果：若告知单内容涉及协议履行的重要事项（如变更、解除协议等），且未经协议公司同意，则可能构成违约或侵权，协议公司有权要求对方承担相应法律责任。
特殊情形：合同相对性原则的突破
- 例外情况：在特定法律关系中（如债权转让、债务承担等），合同权利义务可能依法转移给第三方，此时虽协议主体与告知单主体不一致，但基于法律规定的转移，告知单仍可能对协议公司产生法律效力。
- 法律依据：根据《民法典》中关于合同权利义务转让的规定，债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，债务人接到债权转让通知后，债务人对让与人的抗辩，可以向受让人主张。
法律建议：
- 核实主体关系：首先核实协议公司与告知单公司之间的法律关系，包括是否存在关联关系、授权关系或合同权利义务的转移情况。
- 审查协议内容：仔细审查协议中关于通知、变更、解除等条款的约定，以及是否有关于第三方代为履行或发出通知的特别约定。
- 及时沟通确认：若对告知单的法律效力存疑，应及时与协议公司沟通确认，避免因误解或疏忽导致法律纠纷。
- 保留证据：无论协议与告知单主体是否一致，均应妥善保留相关证据（如协议文本、告知单、沟通记录等），以备不时之需。
若您在此类问题上遇到具体纠纷或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。