针对您提出的“国有工地出证金已付清翻修图纸已完成但超过年限了怎么办”的问题，这主要涉及到土地使用权出让年限届满后的处理方式。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，土地使用权出让年限是由市、县人民政府土地管理部门会同城市规划、建设、房产管理部门共同拟定方案予以明确的，且每幅出让地块的使用年限不得超过国务院规定的相应用途的最高年限。对于工业用地，其出让最高年限通常为50年，但具体使用年限会在出让方案中明确，并非固定为50年，而是有一定的弹性。
当土地使用权出让年限届满后，您作为土地使用者，如果希望继续使用该土地，应当至迟于届满前一年向相关部门申请续期。根据《城市房地产管理法》的相关规定，政府除根据社会公共利益需要收回该幅土地的外，对申请续期的应当予以批准。经批准予以续期的，您需要重新签订土地使用权出让合同，并按规定支付土地使用权出让金。
如果您未申请续期或者虽申请续期但未获得批准，那么土地使用权将由国家无偿收回。同时，根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》的规定，土地使用权期满后，土地使用权及其地上建筑物、其他附着物所有权也将由国家无偿取得。
针对您的情况，由于您已经付清了出证金且翻修图纸已完成，但土地使用权年限已届满，我建议您：
及时申请续期：尽快向相关部门提交土地使用权续期申请，并按照要求准备相关材料。
了解续期条件：在申请续期前，了解续期的具体条件，包括是否需要重新评估土地价值、支付额外的出让金等。
准备相关费用：如果续期申请获得批准，您需要准备支付土地使用权出让金等相关费用。
关注政策变化：由于土地政策可能会随着时间和市场环境的变化而调整，建议您持续关注相关政策动态，以便及时调整您的策略。
最后，我建议您在处理此类问题时，咨询专业的法律人士或土地管理部门，以确保您的权益得到充分保障。希望以上解答能对您有所帮助。