旗舰店若被威胁涉及三无产品问题，首先需明确的是，应依法依规应对，确保自身合法权益不受侵害，同时积极履行法律义务。针对此情况，以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

一、核查产品情况

1. 确认产品标识：根据《中华人民共和国产品质量法》的相关规定，产品或其包装上的标识必须真实，且需包含产品质量检验合格证明、中文标明的产品名称、生产厂厂名和厂址等信息。旗舰店应首先核查被投诉的产品是否确实缺乏这些必要标识，即是否为“三无产品”。
2. 保留证据：在核查过程中，旗舰店应保留所有相关证据，包括产品样本、包装、说明书等，以备后续可能的法律程序使用。

二、与投诉者沟通

1. 积极回应：若产品确实存在问题，旗舰店应尽快与投诉者取得联系，表示歉意，并说明情况。
2. 提出解决方案：根据实际情况，旗舰店可以提出退货、换货或给予一定赔偿等解决方案，以争取投诉者的理解和撤诉。

三、整改与下架

1. 立即下架：对于确认为三无产品的商品，旗舰店应立即进行下架处理，并停止销售。
2. 全面检查：同时，旗舰店应对店内其他产品进行全面检查，确保所有产品均符合相关法律法规的要求。
3. 主动召回：对于已经销售出去的三无产品，旗舰店应主动联系消费者进行召回，并承担相应的责任。

四、配合法律部门调查

1. 积极配合：如果旗舰店被投诉后，相关法律部门介入调查，旗舰店应积极配合，提供必要的证据和资料，如实说明情况。
2. 承担法律责任：依据《中华人民共和国产品质量法》的相关规定，对于销售三无产品的行为，可能会面临责令停止销售、没收违法销售的产品以及罚款等处罚。旗舰店应认真对待法律部门的调查，并承担相应的法律责任。

五、加强内部管理

1. 完善流程：为了避免类似问题的再次发生，旗舰店应加强内部管理，建立完善的产品采购、验收和上架流程。
2. 员工培训：同时，旗舰店应定期对员工进行法律法规和产品知识的培训，提高员工的法律意识和产品质量意识。

六、应对威胁的法律措施

1. 固定证据：若旗舰店遭遇恶意威胁，应首先固定相关证据，如威胁的聊天记录、录音等。
2. 报警处理：根据威胁的严重程度，旗舰店可以考虑向公安机关报案，寻求法律保护。
3. 法律诉讼：若威胁行为构成侵权或犯罪，旗舰店还可以通过法律途径追究威胁者的法律责任。

旗舰店在面对被威胁涉及三无产品的问题时，应依法依规应对，确保自身合法权益不受侵害。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。