结论：业主交的2万进度款一般不能直接抵扣公司欠你的工资，除非你与公司之间有明确的约定或者公司取得了你的同意。
分析：
工资与进度款性质不同：
- 工资是你为公司提供劳动后应得的报酬，属于劳动报酬范畴。
- 进度款是业主根据工程进度支付给公司的款项，用于工程的继续进行或完成，属于工程款项范畴。
法律关系不同：
- 你与公司之间存在劳动关系，工资支付是公司的法定义务。
- 公司与业主之间存在工程承包或施工合同关系，进度款支付是业主根据合同约定的义务。
抵扣的合法性：
- 除非你与公司之间有明确的书面或口头约定，允许公司用进度款抵扣工资，否则公司无权单方面进行抵扣。
- 如果公司未经你同意，擅自用进度款抵扣工资，这可能构成违法行为，侵犯了你的合法权益。
建议与措施：
- 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，明确表达你的意愿和诉求，要求公司按照约定支付工资。
- 收集证据：如果协商无果，你需要收集相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以证明公司欠你的工资。
- 寻求法律援助：如果公司仍然拒绝支付工资，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
可能后果：
- 如果公司未经你同意擅自用进度款抵扣工资，且拒绝支付剩余工资，你可能面临工资拖欠的风险，影响你的生活和经济状况。
- 同时，公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令支付工资等，甚至可能影响公司的信誉和业务发展。
因此，建议你先与公司进行协商，如果协商无果，及时收集证据并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。