司法鉴定工伤认定书（通常指劳动能力鉴定结论书）是由设区的市级劳动能力鉴定委员会出具的。以下是对此问题的详细解答：
一、出具单位
根据我国相关法律法规，职工发生工伤后，若伤情相对稳定且存在残疾、影响劳动能力的情况，应当进行劳动能力鉴定。这一鉴定工作由设区的市级劳动能力鉴定委员会负责。该委员会从其建立的医疗卫生专家库中随机抽取专家组成专家组，由专家组提出鉴定意见，委员会再根据专家组的意见作出劳动能力鉴定结论，即我们所说的司法鉴定工伤认定书（或更准确地称为劳动能力鉴定结论书）。
二、申请流程
申请时限：职工发生工伤后，其所在单位应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。若用人单位未按规定时间提出申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向该委员会提出申请。
提交材料：申请劳动能力鉴定时，需提交工伤认定决定书、职工工伤医疗的有关资料等。
鉴定流程：设区的市级劳动能力鉴定委员会受理申请后，会从专家库中抽取专家组成专家组进行鉴定。委员会根据专家组的鉴定意见作出劳动能力鉴定结论，并在必要时委托具备资格的医疗机构协助进行诊断。
三、法律效力
劳动能力鉴定结论书（司法鉴定工伤认定书）是确认职工工伤身份和享受工伤待遇的重要依据。它只要是由具备资质的劳动能力鉴定委员会依法依规作出，就具有法律效力。这一结论书不受保险日期范围的影响，即使工伤发生不在保险期间内，它依然能确定职工工伤的事实及程度。
四、后续步骤
获得劳动能力鉴定结论书后，职工或其所在单位可根据鉴定结果进行工伤赔偿的协商或申请劳动仲裁等后续步骤。若协商不成，可在规定时效内申请劳动仲裁，并准备仲裁申请书、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等材料。仲裁委审理后会作出裁决，若单位不履行仲裁裁决，职工可在规定期限内向法院申请强制执行。
总结：司法鉴定工伤认定书（劳动能力鉴定结论书）是由设区的市级劳动能力鉴定委员会出具的。这一结论书在工伤处理过程中扮演着至关重要的角色，是确认职工工伤身份和享受工伤待遇的重要依据。若您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。