非法占用农村耕地一般不能直接适用《城乡规划法》来处理，但具体情形需结合占用行为性质及规划要求综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律适用范围差异

• 《城乡规划法》的适用对象：该法主要规范城乡规划的制定、实施和修改，以及建设用地、建设工程的规划管理。其核心在于通过规划手段协调城乡空间布局，保障公共利益。
• 非法占用耕地的法律定性：非法占用耕地通常涉及违反《土地管理法》中关于土地用途管制、耕地保护的规定，如未经批准擅自改变耕地用途、破坏耕地种植条件等。此类行为更侧重于土地资源的保护和管理。

2. 非法占用耕地的直接法律后果

• 《土地管理法》的处罚规定：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
• 刑事责任：若非法占用耕地数量较大或造成耕地大量毁坏，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。

3. 《城乡规划法》的间接关联

• 规划许可的缺失：若非法占用耕地行为同时涉及未取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证进行建设，则可能同时违反《城乡规划法》的相关规定。但此时，《城乡规划法》的适用是针对“无证建设”行为，而非直接针对“非法占用耕地”。
• 规划调整的影响：在极少数情况下，若非法占用耕地行为发生在城乡规划调整过程中，且占用行为与规划调整存在直接关联（如规划调整前已占用，但调整后该地块用途发生变化），则可能需结合规划调整的具体情况来认定责任。但这种情况较为特殊，不具有普遍性。

4. 实务建议

• 区分行为性质：在处理非法占用农村耕地案件时，应首先明确行为是否同时涉及违反《土地管理法》和《城乡规划法》。若仅涉及非法占用耕地，则应优先适用《土地管理法》进行处罚。
• 综合执法：对于同时违反多部法律的复杂案件，建议由自然资源主管部门和城乡规划主管部门联合执法，确保法律适用的准确性和全面性。
• 法律救济：若对处罚决定不服，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。

总结：非法占用农村耕地一般不能直接适用《城乡规划法》来处理，但需根据占用行为的具体性质和规划要求综合判断。在处理此类案件时，应优先适用《土地管理法》的相关规定，并视情况考虑是否同时涉及违反《城乡规划法》。如有具体案件或疑问，欢迎直接向我咨询。