运输企业多次超限运输，是适用《安全生产法》进行处罚的。以下从法律适用、处罚对象与性质、典型案例三个角度进行详细分析：
法律适用角度
《安全生产法》的普适性：
- 《安全生产法》第二条虽规定“道路交通安全另有规定的适用其规定”，但这并不排除该法对运输企业安全管理责任的规制。特别是当超限运输行为构成重大事故隐患时，企业未履行消除义务，即违反了《安全生产法》的相关规定。
- 根据《安全生产法》第三条第二款和第十条的规定，安全生产工作实行管行业必须管安全的原则。交通运输管理部门作为货运企业的行业管理部门，有权适用《安全生产法》对所属管理对象进行处罚。
超限运输与重大事故隐患：
- 交通运输部《安全生产重大事故隐患判定标准》明确，货运企业所属车辆违法超载超100吨属于重大事故隐患。因此，运输企业多次超限运输，且未采取措施消除该隐患，即构成《安全生产法》所禁止的行为。
处罚对象与性质角度
处罚对象的不同：
- 交警部门对驾驶员的超限运输行为进行处罚，是基于《道路交通安全法》对驾驶员个人违法行为的规制。
- 交通运输部门对运输企业进行处罚，则是基于《安全生产法》对企业未履行安全生产管理责任的规制。两者处罚对象不同，不构成“一事二罚”。
违法性质的不同：
- 驾驶员的超限运输行为是即时行为，直接违反了《道路交通安全法》。
- 运输企业的多次超限运输行为，则体现了企业未履行安全生产管理责任，属于持续管理失职，违反了《安全生产法》。
典型案例角度
- 河南首例交通运输安全生产处罚复议案：
- 该案中，某物流公司所属半挂车因违法超载被交警部门处罚后，交通运输局又依据《安全生产法》对企业进行了处罚。企业质疑此举违反“一事不再罚”原则，但复议机关最终维持了交通运输局的行政处罚决定。
- 复议机关认为，交警与交通局处罚对象、违法性质、法律依据均不同，符合《行政处罚法》第二十九条但书情形，不构成“一事二罚”。
法律建议
- 运输企业应严格遵守法律法规：运输企业应加强对驾驶员的教育和管理，确保车辆不超限运输，避免构成重大事故隐患。
- 积极履行安全生产管理责任：运输企业应建立健全安全生产管理制度，定期对车辆进行安全检查，及时发现并消除安全隐患。
- 面对处罚应积极应对：若运输企业因多次超限运输而受到《安全生产法》的处罚，应积极配合调查，认真整改，避免类似行为再次发生。
运输企业多次超限运输是适用《安全生产法》进行处罚的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。