运输企业违反《安全生产法》多个法条时，将面临数罪并罚、合并处罚，具体处罚方式需根据违法行为的性质、情节及后果综合判定。以下从不同角度详细分析：

1. 处罚原则
   根据《安全生产法》第九十九条至第一百一十四条，若企业同时违反多个法条，监管部门会分别裁量、合并处罚。例如，若企业既未按规定配备安全管理人员（第九十四条），又未对从业人员进行安全培训（第九十七条），则需对两项违法行为分别处罚后合并执行。

2. 常见违法情形及处罚

   • 未履行安全管理职责（如未建立安全制度、未配备安全管理人员）：
     责令限期改正，处10万元以下罚款；逾期未改正的，责令停产停业整顿，并处10万元-20万元罚款，对直接负责的主管人员处2万元-5万元罚款。
     
   • 未进行安全培训或教育：
     责令限期改正，处10万元以下罚款；逾期未改正的，责令停产停业整顿，并处10万元-20万元罚款。
     
   • 未按规定投保安全生产责任保险：
     责令限期改正，处5万元-10万元罚款；逾期未改正的，处10万元-20万元罚款。
     
   • 重大事故隐患拒不整改：
     责令停产停业整顿，并处10万元-50万元罚款；对直接负责的主管人员处2万元-5万元罚款。
     
   • 发生生产安全事故：
     根据事故等级（一般、较大、重大、特别重大），对企业处30万元-2000万元罚款；对主要负责人处上一年年收入30%-100%的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

3. 处罚的加重情节
   若企业存在以下情形，处罚将加重：

   • 违法行为导致人员伤亡或重大财产损失；
     
   • 拒不整改或多次违法；
     
   • 隐瞒、谎报事故或阻碍执法。
     例如，若企业因未履行安全管理职责导致事故，除罚款外，还可能被吊销许可证、责令关闭，主要负责人可能被终身禁业。

4. 企业合规建议

   • 定期自查：对照《安全生产法》要求，检查制度、培训、投保等是否到位；
     
   • 及时整改：对监管部门指出的隐患立即整改，避免逾期加重处罚；
     
   • 保留证据：如培训记录、投保凭证等，以备执法检查时证明合规性。

若企业涉及具体违法情形，建议提供细节（如违法条款、后果等），我可进一步分析处罚幅度及应对策略。