针对您提出的“交通运输企业货车两次超载怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及规定给出的详细解答：

一、超载处罚的基本原则

货车超载的处罚需根据超载的具体比例、是否为初次违法，以及车辆类型（如货运机动车等）来综合判断，并依据《道路交通安全法》及相关条例进行处罚。对于交通运输企业而言，若其货车多次超载，将面临更为严厉的处罚。

二、货运机动车两次超载的处罚细则

1. 第一次超载处罚：

   • 超载未达30%：处二百元以上五百元以下罚款，同时驾驶证扣1分。
   • 超载30%以上未达50%：处五百元以上二千元以下罚款，驾驶证扣3分。
   • 超载50%以上：处五百元以上二千元以下罚款，驾驶证扣6分。

2. 第二次超载处罚（在第一次处罚后仍未改正）：

   • 对交通运输企业的直接负责主管人员处二千元以上五千元以下罚款。
   • 同时，按照第一次超载时对应的超载比例罚款、扣分标准，对驾驶人再次进行处罚。这意味着，如果第二次超载的比例与第一次相同，那么罚款和扣分的标准也将与第一次一致，但会叠加之前的处罚。

三、一年内多次超载的加重处罚

根据《公路安全保护条例》及相关规定，对于一年内违法超限运输超过3次的货运车辆及其驾驶人，道路运输管理机构将采取更为严厉的惩罚措施。这些措施包括但不限于：

• 吊销车辆营运证。
• 责令停止从事营业性运输。
• 责令道路运输企业停业整顿。
• 情节严重的，吊销其道路运输经营许可证，并向社会公告。

四、特殊场景与重复违法的考虑

• 在高速公路上货车载物超过核定载质量未达30%的，也将受到一次扣3分的处罚，这与普通道路上的处罚标准一致，但高速公路上的超载行为可能引发更严重的后果。
• 若货车违反规定拉货超长，且机动车载货长度、宽度、高度超过规定的，将面临一次扣1分的处罚。
• 对于一年内实施两次以上超载等违法行为的，罚款金额可能会翻倍，同时可能伴随其他更严厉的处罚措施，如吊销营运证、责令停业整顿等。

五、法律后果与风险提示

超载行为不仅会导致法律处罚，更重要的是它极大地增加了交通事故的风险，严重威胁道路交通安全。对于交通运输企业而言，多次超载还可能损害企业形象，影响业务运营。因此，强烈建议交通运输企业严格遵守交通规则，确保货车不超载，以确保道路交通安全和企业可持续发展。

六、总结与建议

综上所述，货车若在一年内超载两次，将面临更加严厉的处罚，包括罚款金额的翻倍、吊销营运证、责令停业整顿等。具体的处罚措施将依据超载的严重程度以及当地交通管理部门的具体规定执行。因此，建议交通运输企业加强内部管理，定期对货车进行称重检查，确保货车不超载上路，以避免不必要的法律风险和安全隐患。