关于员工每天上班迟到工资如何扣除的问题，这主要取决于用人单位的规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是对此问题的详细解答：
一、迟到扣工资的计算方式
固定金额扣罚：
- 若公司规章制度明确规定，每次迟到将扣除固定金额（如每次迟到扣20元），则扣罚金额将按照迟到次数乘以该固定金额来计算。例如，一个月内迟到3次，则扣罚金额为60元。
按工资比例扣罚：
- 另一种方式是根据员工的日工资或小时工资的一定比例来扣罚。日工资通常通过月工资总额除以月计薪天数（一般为21.75天）来计算。例如，若员工月工资为5000元，日工资约为229.89元。若规定迟到一次扣日工资的10%，则迟到一次将扣罚约23元。
按迟到时间比例计算：
- 还可以根据迟到时间占用的比例来计算扣罚金额。例如，每小时工资为20元，迟到10分钟，则可能扣除工资的一部分（如按10%的比例计算，扣除0.33元，但实际操作中可能会四舍五入或设定最低扣罚额）。不过，这种方式需要确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
二、规章制度的合法性要求
- 民主程序制定：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 合理性审查：扣罚金额不得过高，以免严重影响员工的基本生活或损害其合法权益。否则，员工有权要求纠正并足额支付工资。
三、法律限制与实践注意事项
- 最低工资保障：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，扣除迟到工资后，员工的实际所得工资不得低于当地最低工资标准。
- 扣除上限：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
- 规章制度明确性：用人单位应在规章制度中清晰规定迟到扣工资的计算方式和标准，并确保员工充分理解。
- 沟通与协商：在处理迟到扣工资问题时，用人单位应与员工进行充分沟通和协商，寻求合理解决方案。
四、建议
- 查看劳动合同：员工应首先查看自己的劳动合同，了解其中关于迟到扣工资的具体约定。
- 咨询公司人事部门：如有疑问，可向公司的人事部门咨询，了解公司的具体规章制度和扣罚标准。
- 维护自身权益：若认为公司的扣罚方式不合理或违法，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，员工每天上班迟到工资的扣除方式需结合用人单位的规章制度和劳动合同约定，并确保其合理性和合法性。在实际操作中，应遵循相关法律法规的限制和要求，以保障员工的合法权益不受侵害。