食品细菌总数超过国家食品安全标准，将面临严厉的处罚，主要包括没收违法所得、罚款、责令整改及公开通报等措施。以下是对此问题的详细分析：

一、处罚依据

根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条第一款第（一）项的规定，对于生产经营致病性微生物（包括细菌总数超标等情形），以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品，县级以上人民政府食品安全监督管理部门有权进行处罚。

二、处罚措施

1. 没收：

   • 违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂。
   • 用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。

2. 罚款：

   • 货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款。
   • 货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。

3. 责令整改：

   • 责令立即停止生产销售不符合食品安全标准的食品。
   • 对已销售产品实施召回。
   • 要求全面整改生产环境和流程，加强卫生管理，完善原材料供应商审核制度等。

4. 公开通报：

   • 市场监管部门可能对违法行为进行公开通报，以警示其他食品生产者。

三、实际应用与案例

以某地市场监督管理局的一次常规食品抽检为例，发现当地一家食品有限公司生产的一款糕点细菌总数超标。该糕点细菌含量远超国家标准限定，市场监管部门随即对该公司展开了全面调查。调查过程中，执法人员发现了生产过程中存在的卫生管理漏洞等问题。最终，市场监督管理局对该公司作出了没收违法生产经营的糕点产品及部分工具、并处以罚款、责令立即停止生产销售该款糕点、对已销售产品实施召回、并要求全面整改生产环境和流程等处罚决定。

四、法律建议与预防措施

1. 加强卫生管理：

   • 食品生产者应定期清洁消毒生产车间和设备，保持生产环境整洁。
   • 及时更换老化设备，定期进行维护和保养。

2. 严格原材料审核：

   • 加强对原材料供应商的资质审核，确保原材料质量可靠。
   • 对原材料进行严格的检验和检测，防止受污染的原材料进入生产环节。

3. 完善质量控制体系：

   • 建立健全质量控制体系，对生产过程进行全面监控。
   • 定期对产品进行质量检测和评估，确保产品符合食品安全标准。

作为食品生产者，必须严格遵守国家食品安全标准，确保食品质量和安全。一旦食品出现细菌总数超标等质量问题，将面临严厉的处罚。因此，建议食品生产者加强生产管理，完善质量控制体系，以预防类似问题的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。