公司发文件进行培训，在合法合规的框架下进行，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
公司自主管理权：
- 公司作为独立的法人实体，享有自主管理权，包括制定内部规章制度、组织员工培训等。发文件进行培训，是公司行使自主管理权的一种方式，旨在提升员工技能、确保工作质量或遵守法律法规要求。
劳动合同与规章制度：
- 如果公司发文件进行培训的内容与劳动合同中的约定相符，或者该培训是公司规章制度中明确规定的，那么这种培训行为就是合法的。例如，劳动合同中可能约定员工需要参加公司组织的定期培训，或者公司规章制度中可能规定新员工必须接受入职培训。
法律法规要求：
- 在某些特定行业或领域，法律法规可能要求公司对员工进行特定培训。例如，医疗行业可能要求医护人员定期接受专业培训，以确保其具备最新的医疗知识和技能。在这种情况下，公司发文件进行培训就是履行法律法规要求的义务，因此是合法的。
潜在合法性问题及应对
培训内容违法或违规：
- 如果公司发文件进行的培训内容违反法律法规或社会公德，如传播虚假信息、进行非法活动等，那么这种培训行为就是违法的。公司应确保培训内容合法合规，避免涉及任何违法或违规的内容。
侵犯员工权益：
- 如果公司发文件进行的培训侵犯了员工的合法权益，如要求员工在非工作时间参加培训且不支付加班费、以培训为名进行变相裁员等，那么这种培训行为就可能构成违法。公司应尊重员工的合法权益，确保培训安排合理且不侵犯员工权益。
未履行告知义务：
- 如果公司在发文件进行培训前未充分告知员工培训的内容、时间、地点等相关信息，或者未征求员工的意见，那么这种培训行为就可能因缺乏透明度而引发争议。公司应提前告知员工培训的相关信息，并征求员工的意见，以确保培训的顺利进行。
建议与措施
完善内部规章制度：
- 公司应制定完善的内部规章制度，明确培训的目的、内容、方式、时间等，确保培训行为有章可循、有据可查。
加强与员工的沟通：
- 在发文件进行培训前，公司应与员工进行充分沟通，了解员工的需求和意见，确保培训内容符合员工的实际需求。
确保培训内容合法合规：
- 公司应确保培训内容合法合规，不涉及任何违法或违规的内容，避免因培训内容不当而引发法律风险。
尊重员工权益：
- 公司应尊重员工的合法权益，确保培训安排合理且不侵犯员工权益，如合理安排培训时间、支付加班费等。
如果您在公司发文件进行培训的过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。