若招标文件合同条款与政策存在矛盾，且签订合同时已按照政策进行了修正，一般情况下可以按照修正后的合同进行结算。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同文件的优先顺序与实质性条款

1. 合同文件的优先顺序：在建设工程合同中，通常存在一个合同文件的优先顺序，一般包括合同协议书、中标通知书、投标函及其附件（包括招标文件）、专用合同条款及其附件、通用合同条款等。其中，合同协议书的效力通常是最高的，它代表了双方最终达成的合意。

2. 实质性条款：合同的实质性条款，如工程范围、工程工期、工程质量和工程价款等，是合同的核心内容。根据《招标投标法》的相关规定，合同的内容不得背离招标文件的实质性内容。如果合同中的这些实质性条款与招标文件存在矛盾，且未按照政策进行修正，那么可能面临法律上的风险。但在此案例中，合同已经按照政策进行了修正，因此可以认为合同中的实质性条款已经符合了政策要求。

二、政策修正的合法性与效力

1. 政策修正的合法性：当招标文件合同条款与政策存在矛盾时，按照政策进行修正是合法的。政策是国家或地方政府为了规范市场行为、保护公共利益而制定的，具有强制性和约束力。因此，当合同条款与政策相冲突时，应当以政策为准。

2. 修正后合同的效力：经过政策修正后的合同，其效力应当得到认可。因为修正过程本身就是为了使合同更加符合法律法规和政策要求，从而保障合同的合法性和有效性。所以，按照修正后的合同进行结算，是合法且合理的。

三、可能存在的例外情况

尽管一般情况下可以按照修正后的合同进行结算，但也存在一些例外情况。例如：

1. 如果修正过程存在瑕疵：如修正过程未遵循法定程序、未得到双方充分协商或存在欺诈、胁迫等情形，那么修正后的合同可能面临被撤销或宣告无效的风险。

2. 如果政策本身发生变化：在合同履行过程中，如果相关政策发生了变化，且这种变化对合同结算产生了实质性影响，那么双方可能需要重新协商并调整合同条款。

四、法律建议

1. 审查合同条款：在签订合同时，务必仔细审查合同条款，确保其与招标文件和政策要求保持一致。如有矛盾或不明确之处，应及时与对方协商并修正。

2. 保留相关证据：在合同履行过程中，应妥善保留与合同结算相关的所有证据，如合同文本、修正记录、政策文件等。这些证据将在发生争议时起到关键作用。

3. 及时咨询专业律师：如果在合同履行过程中遇到任何法律问题或争议，应及时咨询专业律师以获取法律支持和建议。

如有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供更加全面和专业的法律服务。