当遇到发票金额与付款金额不一致的情况，并需要撰写补充协议来明确双方权益时，可以按照以下结构和内容来撰写：

补充协议标题： 关于[原合同名称及编号]中发票金额与付款金额不一致的补充协议

协议双方： 甲方（付款方）：[甲方公司名称及法定代表人] 乙方（收款方）：[乙方公司名称及法定代表人]

协议背景： 鉴于甲乙双方于[原合同签订日期]签订了《[原合同名称及编号]》（以下简称“原合同”），在执行过程中发现发票金额与付款金额存在不一致的情况。为明确双方权益，避免后续纠纷，经友好协商，特订立本补充协议。

不一致情况说明：

1. 原合同中约定的[具体项目或服务]金额为[原合同金额]元。
2. 实际开具的发票金额为[发票金额]元，与原合同金额存在[差额金额]元的差异。
3. 差异原因说明：[详细说明差异产生的原因，如价格调整、折扣、税费变化等]。

补充协议内容：

1. 金额确认：

   • 双方确认，本次交易的实际金额为[实际金额]元（可根据实际情况选择以发票金额、付款金额或双方协商确定的金额为准）。
   • 甲方已向乙方支付[已付款金额]元，剩余[未付款金额]元（如有）将按照本补充协议的约定进行支付。

2. 发票处理：

   • 乙方应根据实际金额重新开具或调整发票，确保发票金额与实际交易金额一致。
   • 如因发票问题导致甲方无法正常报销或产生其他损失，乙方应承担相应责任。

3. 付款安排：

   • 甲方应在收到乙方重新开具或调整后的发票后[具体天数]个工作日内，将剩余未付款金额支付至乙方指定账户。
   • 如甲方已提前支付超过实际金额的款项，乙方应在收到本补充协议后[具体天数]个工作日内，将多余款项退还至甲方指定账户。

4. 违约责任：

   • 如任何一方违反本补充协议的约定，应承担违约责任，并赔偿对方因此遭受的损失。

5. 争议解决：

   • 本补充协议在履行过程中如发生争议，双方应首先友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向甲方所在地人民法院提起诉讼。

协议生效： 本补充协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

签署部分： 甲方（盖章）：[甲方公司公章] 法定代表人（或授权代表）签字：[甲方代表签字] 日期：[签署日期]

乙方（盖章）：[乙方公司公章] 法定代表人（或授权代表）签字：[乙方代表签字] 日期：[签署日期]

请根据实际情况调整上述模板中的具体内容，如公司名称、合同金额、差异原因等，以确保补充协议的准确性和有效性。在签署前，建议双方对协议内容进行仔细审核，并咨询法律专业人士的意见。