因自然灾害放假，用人单位一般不应扣工资。这一结论主要基于我国现行的劳动法规，下面我将从不同角度为您详细分析：
法律依据与原则
根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。自然灾害，如台风、地震等，属于不可抗力的范畴，其导致的放假并非劳动者原因造成。因此，按照上述规定，用人单位一般不得扣除劳动者的工资。
不同用工情形分析
标准工时制员工：
- 若企业因自然灾害（如台风）安排放假，这属于非劳动者原因造成的停工。在此情况下，企业应按照劳动合同约定的标准支付工资。
- 实例：假设您在一家标准工时制的企业工作，因台风导致企业放假一天，那么企业应当支付您该日的全额工资，不得扣发。
计件工资制员工：
- 对于计件工资制的员工，自然灾害放假期间，由于非员工个人原因导致无法进行生产计件，企业通常也不应扣发工资。
- 企业可按照当地最低工资标准或劳动合同约定的基本保障工资进行支付。
- 实例：如果您是计件工资制的工人，因自然灾害放假，企业可以按照当地规定的最低工资标准支付您放假期间的工资。
综合工时制和不定时工时制员工：
- 综合工时制：在综合计算周期内，因自然灾害放假导致工作时间减少，但总工作时间未超过法定标准工作时间时，企业不应扣工资。
- 不定时工时制：主要适用于工作时间灵活性较大的员工，如企业高级管理人员。一般情况下，因自然灾害放假不涉及扣工资问题，但需遵循劳动合同约定和企业相关规定。
公司具体规定与实际情况
- 尽管有上述法律规定，但公司可能因经营需要，在自然灾害期间也要求员工上班。此时，若员工未按要求到岗，可能会被视为旷工，进而可能导致工资被扣。
- 因此，我建议您提前了解公司的具体规定，如有疑问应及时咨询人事部门或向我咨询，以避免不必要的误解和纠纷。
法律建议与后果
- 如果用人单位因自然灾害放假而扣减您的薪酬，您有权依法通过申诉要求返还。
- 首先，建议双方先行和解，尝试通过沟通解决问题。
- 若无果，您可以寻求劳动监察部门的协助或申请劳动仲裁，以保护自身权益。
综上所述，因自然灾害放假，用人单位一般不应扣工资。但具体是否扣工资还需结合公司的具体规定和实际情况来判断。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。