发生自然灾害时，用人单位扣工资一般是不合理的，但具体需视情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、自然灾害是否构成扣工资的合法理由
自然灾害本身不构成扣工资的直接理由：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。自然灾害属于不可抗力事件，但它本身并不直接构成用人单位扣减劳动者工资的合法依据。
若因自然灾害导致用人单位停工停产，工资支付需遵循特定规则：
- 根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
- 超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，则应按国家有关规定办理。这里的“国家有关规定”通常指的是地方性法规或规章，可能涉及生活费支付等，但并非直接扣减工资。
二、用人单位可能扣工资的特殊情况及限制
劳动者过错导致的损失：
- 如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，不过每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 但此情况与自然灾害无直接关联，除非能证明自然灾害中的损失是由劳动者个人过错直接导致的，这在实践中极为罕见。
特殊工时制度或约定：
- 如果用人单位与劳动者之间有特殊约定（如不定时工作制、综合计算工时工作制等），或者劳动合同中有关于自然灾害等特殊情况下的工资支付条款，则需按照约定执行。但此类约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、法律建议及后续行动
审查劳动合同及规章制度：
- 劳动者应首先审查自己的劳动合同及用人单位的规章制度，看是否有关于自然灾害等特殊情况下的工资支付条款。
与用人单位协商：
- 如果认为用人单位扣减工资的行为不合理，劳动者可与用人单位进行协商，要求恢复原工资水平或给予合理补偿。
寻求法律援助或投诉：
- 如果协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来看，发生自然灾害时，用人单位一般不得无故扣减劳动者工资。如果因自然灾害导致用人单位停工停产，工资支付需遵循特定规则，但并非直接扣减工资。如果用人单位以自然灾害为由扣减工资，劳动者应审查劳动合同及规章制度，与用人单位协商，并在必要时寻求法律援助或投诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。