用农民工工资专户支付工程款是违法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律背景与规定

农民工工资专户是专门为保障农民工工资支付而设立的账户，其资金专款专用，专门用于支付所招用农民工的工资。根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，并专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这一制度旨在规范农民工工资支付行为，保障农民工的合法权益。

二、违法行为的认定

将农民工工资专户资金用于支付工程款，明显违反了专户资金使用的规定。这种行为可能导致农民工工资发放出现问题，如工资被挪用、截留等，进而引发群体讨薪等社会不稳定因素。从法律角度，这种行为可能违反相关劳动保障法律法规以及关于农民工工资支付保障的规范性文件要求。

三、法律后果

1. 行政处罚：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》第五十五条，施工总承包单位未按规定开设或者使用农民工工资专用账户的，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，给予施工单位限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。

2. 民事责任：

   • 若因用农民工工资专户支付工程款导致农民工工资未能按时足额发放，施工总承包单位可能面临农民工的索赔要求，需要承担相应的民事责任。

3. 社会影响：

   • 此类违法行为还可能对施工总承包单位的声誉造成负面影响，影响其未来的业务发展和市场竞争力。

四、特殊情况下的合规使用可能性

虽然原则上农民工工资专户不能用于支付工程款，但在某些极为特殊的情况下，比如经过法定程序审批、有明确合法的授权，且不影响农民工工资正常支付的前提下，或许存在合规使用的可能性。然而，这种情况需要严格遵循法定流程并进行充分的监督管理，以确保不违反相关法律法规和规定。

五、建议与措施

1. 严格遵守法律法规：

   • 施工总承包单位应严格遵守《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，确保农民工工资专户的资金专款专用，不得用于支付工程款等其他用途。

2. 加强内部管理：

   • 建立健全内部管理制度，加强对财务和人事部门的监督和管理，防止违规操作导致的工资发放问题。

3. 积极配合监管部门：

   • 积极配合劳动保障行政部门的监管和检查工作，如实提供相关资料和信息，接受审查和指导。

4. 及时整改与补救：

   • 若发现存在用农民工工资专户支付工程款等违规行为，应立即停止并整改，补发未通过专户发放的工资，以避免更严重的法律后果。

总结来看，用农民工工资专户支付工程款是违法的，可能面临严重的行政处罚、民事责任和社会影响。因此，各施工单位必须严格遵守相关法律法规和规定，确保农民工工资的按时足额支付。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。