针对您提出的“合同中约定数量、单价但没有约定总金额的合同印花税如何交”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确计税依据
根据《印花税法》第六条的规定，当应税合同（如您所描述的合同）未列明金额时，印花税的计税依据应按照实际结算的金额来确定。这意味着，尽管合同中没有直接给出总金额，但您仍需要根据合同执行过程中的实际结算情况来计算应缴纳的印花税。
二、具体操作步骤
首次申报（零申报）：
- 在书立应税合同的首个纳税申报期，您需要进行应税合同书立情况的申报，此时由于金额尚未确定，可以进行零申报。
实际结算后申报：
- 在合同实际执行并结算后，您需要在下一个纳税申报期，以实际结算金额作为计税依据，计算并申报缴纳印花税。
三、特殊情况处理
无法确定实际结算金额：
- 如果由于某种原因（如合同未执行完毕、结算方式复杂等）导致您无法确定实际结算金额，那么您可以按照书立合同时的市场价格来确定计税依据。
- 如果合同依法应当执行政府定价或者政府指导价，那么您应按照国家有关规定来确定计税依据。
税法实施前的规定变化：
- 需要注意的是，在税法实施前，对于这类签订时无法确认具体金额的敞口合同，可能要求先按定额5元贴花。但根据现行税法规定，这一要求已经不再适用。
四、含税价与不含税价的处理
- 在实际结算时，如果能够明确区分出不含税价和税额，那么您可以按照不含税金额来计算缴纳印花税。
- 如果未明确区分，则应按照含税总价来计算缴纳印花税。
五、操作建议
仔细审查合同条款：
- 在处理合同印花税时，您应仔细审查合同条款，确保准确理解合同内容和性质，以便正确计算印花税。
咨询专业税务顾问：
- 对于不确定的计税情况，建议您及时咨询当地税务机关或专业的税务顾问，以确保遵守相关税法规定并避免潜在的税务风险。
保留相关凭证：
- 您应保留好相关的合同和凭证，以备税务机关核查。这些凭证将作为您计算并缴纳印花税的重要依据。
综上所述，尽管合同中未约定总金额，但您仍需要根据实际结算情况来计算并缴纳印花税。在处理过程中，请务必遵循税法规定并咨询专业税务顾问以确保合规性。