政府储备土地的租赁合同应与土地储备机构或自然资源主管部门签订，具体需根据土地储备管理权限和地方政策确定。以下是详细分析：

1. 土地储备机构的主导地位

根据《土地储备管理办法》（国土资规〔2017〕17号），土地储备机构是县级以上人民政府批准成立的事业单位，负责土地的收购、储备、供应前期工作。若政府储备土地由土地储备机构直接管理，租赁合同应与该机构签订。例如：

• 市级土地储备中心负责本市储备土地的租赁；
• 县级土地储备分中心负责辖区内储备土地的租赁。

2. 自然资源主管部门的权限

若土地储备机构未独立设立或权限上收，自然资源主管部门（如自然资源局）可能作为合同主体。例如：

• 省级或直辖市自然资源部门直接管理储备土地的租赁；
• 地方政策明确由自然资源部门统一签订合同。

3. 特殊情形：代管或委托管理

部分地区可能通过委托管理协议，将储备土地的租赁权交由其他部门（如城投公司、国资平台）行使。此时需注意：

• 合同相对方需有明确授权，否则可能因主体不适格导致合同无效；
• 建议要求对方提供政府或土地储备机构的授权文件，确保合同效力。

4. 操作建议

• 核实土地权属：通过不动产登记中心查询土地使用权人，确认是否为政府储备土地；
• 查阅地方政策：部分省份（如广东、浙江）已出台储备土地管理细则，明确租赁主体；
• 要求公示文件：签订合同前，要求对方出示政府批准文件或土地储备计划，避免违规操作。

风险提示

若未与法定主体签订合同，可能面临：

• 合同被认定无效，导致租金损失；
• 行政处罚（如《土地管理法》第八十二条规定的非法出租处罚）；
• 后续土地供应时，因租赁关系复杂化影响开发进度。

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供信息，我将结合实务经验为您分析。