针对您提出的“宅基地证程序不合法怎么办”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您详细解答。

首先，需要明确的是，宅基地证的办理必须遵循严格的法律程序和规定。如果发现宅基地证的办理程序存在不合法的情况，您应当采取以下措施：

一、核实情况

1. 收集证据：首先，您需要收集与宅基地证办理相关的所有文件和资料，包括申请书、审批表、土地权属证明等，以便核实办理过程中是否存在违规操作。

2. 咨询专业人士：您可以咨询当地的土地管理部门或律师，了解宅基地证办理的具体法律要求和程序，以及您所持有的宅基地证是否存在程序不合法的问题。

二、采取法律措施

1. 向土地管理部门反映：如果您确认宅基地证的办理程序存在不合法的情况，可以向当地的土地管理部门反映，要求其进行调查和处理。土地管理部门将根据调查结果，依法采取责令返还宅基地、限期拆除房屋等措施。

2. 申请行政复议或提起行政诉讼：如果您对土地管理部门的处理结果不满意，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

三、了解合法申请条件

为了避免类似情况再次发生，您还需要了解宅基地的合法申请条件。根据相关规定，农村村民在符合以下条件的情况下可以申请宅基地：

1. 因子女结婚等原因确需分户且缺少宅基地的；
2. 外来人口落户成为本集体经济组织成员且没有宅基地的；
3. 因自然灾害等原因需要搬迁的。

同时，也存在一些禁止性条件，如年龄未满十八岁、原有宅基地面积已达规定标准或能够解决分户需要、出卖或出租村内住房的村民，将不予批准使用宅基地。

四、加强法律意识

最后，我建议您加强法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保自己的行为合法合规。在办理宅基地证等涉及土地权益的事项时，务必遵循法定程序和要求，避免因程序不合法而引发不必要的法律纠纷。

总之，如果发现宅基地证的办理程序存在不合法的情况，您应当及时核实情况、采取法律措施、了解合法申请条件并加强法律意识。希望这些建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。