在非法经营烟草案件中，扣押的烟通常会被算入经营数额内，作为认定非法经营数额的重要依据。以下是对此问题的详细分析：

一、扣押烟草与经营数额的关系

在非法经营烟草案件中，扣押的烟草是证明行为人非法经营行为的关键证据。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，非法经营烟草专卖品的数额认定，不仅包括已经销售的烟草金额，还包括未销售但被扣押的烟草价值。这是因为，被扣押的烟草同样反映了行为人非法经营的规模和危害程度，是判断其犯罪情节和量刑的重要依据。

二、经营数额的认定标准

1. 销售金额：指生产者、销售者出售伪劣烟草专卖品后所得和应得的全部违法收入。无论款项是否已实际收到，只要销售行为已经发生且应获得收入，均计入销售金额。

2. 货值金额：对于未销售的伪劣烟草专卖品，如被扣押的烟草，其价格按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的相关价格标准计算。这包括复烤烟叶、烟叶的价格按上年度烤烟调拨平均基准价格计算，假烟、走私烟等按同类合格产品的市场中间价格计算等。

三、不同数额对应的情节及法律后果

根据非法经营的数额大小，烟草非法经营罪可分为“情节严重”和“情节特别严重”两种情形，分别对应不同的量刑标准：

1. 情节严重：

   • 非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上；
   • 非法经营卷烟二十万支以上；
   • 曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，又非法经营烟草专卖品且数额在三万元以上。
   • 量刑：处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

2. 情节特别严重：

   • 非法经营数额在二十五万元以上，或者违法所得数额在十万元以上；
   • 非法经营卷烟一百万支以上。
   • 量刑：处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

四、实际案例与法律应用

在实际操作中，法院会根据扣押的烟草数量、品种以及市场价格等因素，综合计算非法经营数额。例如，若行为人被扣押的烟草价值达到或超过上述“情节严重”或“情节特别严重”的标准，则将被依法追究相应的刑事责任。

五、建议与注意事项

1. 合法经营：烟草经营者应严格遵守国家法律法规，合法经营，不触碰非法经营红线。

2. 加强监管：监管部门应加强市场巡查，对非法经营烟草行为及时查处，加强宣传，提高经营者法律意识。

3. 精准量刑：司法机关在审理此类案件时，应精准把握量刑标准，确保法律公正实施。同时，行为人也有权委托专业律师进行辩护，以维护自身合法权益。

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