针对您提出的“本该废标的项目最终中标并完工如何结算”的问题，这是一个涉及政府采购法规、合同履行以及工程竣工结算等多个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法规层面分析

首先，我们需要明确的是，如果项目本应废标但最终中标并完工，这通常意味着在采购过程中存在违规行为或投诉事项未得到妥善处理。根据《政府采购质疑和投诉办法》的相关规定，如果投诉事项成立且影响或可能影响采购结果，财政部门会进行相应处理。其中，若政府采购合同已经履行（包括已开始履行但不一定已履行完毕），给他人造成损失的，相关当事人可依法提起诉讼，由责任人承担赔偿责任。

二、合同履行状态界定

在法规中提到的“政府采购合同已经履行”，并不局限于合同已经完全履行完毕。它包括合同已经开始实际履行的情况。这意味着，一旦合同开始执行，即使项目存在应废标的情况，也无法简单地通过废标来解决问题，而是需要通过法律途径来追究责任并寻求赔偿。

三、结算流程与注意事项

1. 结算依据：

   • 竣工结算应依据合同约定进行，包括合同条款、工程量清单、变更洽商记录等。
   • 如果项目存在违规中标的情况，结算时可能需要考虑法律判决或仲裁结果对结算的影响。

2. 结算资料准备：

   • 施工单位应准备完整的结算资料，包括但不限于合同、竣工图纸、竣工验收报告、设计变更、变更洽商、现场签证等。
   • 鉴于项目可能存在争议，结算资料的完整性和真实性尤为重要。

3. 结算争议处理：

   • 如果在结算过程中出现争议，双方应首先通过协商解决。
   • 协商不成的，可以依据合同约定申请仲裁或提起诉讼。
   • 在此过程中，应特别注意保留相关证据，以支持自己的主张。

4. 责任追究与赔偿：

   • 如果项目违规中标并给他人造成损失，相关当事人有权依法提起诉讼要求赔偿。
   • 赔偿责任的性质通常为侵权责任，责任人范围可能包括采购人、采购代理机构、中标供应商等。

四、实际操作建议

1. 加强前期管理：

   • 在项目启动前，应充分论证项目需求，编制科学严谨的招标文件，明确合同条款。
   • 加强对招标过程的监督，确保公平、公正、公开。

2. 完善合同管理：

   • 合同签订后，应严格按照合同约定执行，及时处理变更洽商和现场签证。
   • 加强对合同履行情况的监控，确保项目按计划推进。

3. 强化结算管理：

   • 在项目完工后，应及时组织竣工结算工作，确保结算资料的完整性和真实性。
   • 对于存在争议的项目，应积极寻求法律途径解决，避免长期拖延。

4. 提高法律意识：

   • 参与政府采购项目的各方应提高法律意识，了解并遵守相关法律法规。
   • 在遇到法律问题时，应及时咨询专业律师或法律机构，以维护自己的合法权益。

综上所述，对于本应废标的项目最终中标并完工的情况，结算工作应依据合同约定进行，并特别注意法律判决或仲裁结果对结算的影响。同时，各方应加强前期管理、完善合同管理、强化结算管理并提高法律意识，以确保项目的顺利推进和合法结算。