招标人和中标人另行订立的背离招投标文件实质性内容的合同，通常被认定为无效。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：明确规定招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这一规定直接限制了招标人和中标人在合同订立后的变更行为，特别是针对合同实质性内容的变更。

2. 《关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》第十四条第三款：进一步规定，当事人就同一交易订立的多份合同均系真实意思表示，且不存在其他影响合同效力情形的，人民法院应当在查明各合同成立先后顺序和实际履行情况的基础上，认定合同内容是否发生变更。但法律、行政法规禁止变更合同内容的，人民法院应当认定合同的相应变更无效。这一解释明确了背离招投标文件实质性内容的合同变更无效。

二、实务争议与司法观点

1. 主客观说：

   • 客观情况变化说：认为如果背离合同实质性内容的变更是因为客观情况发生了变化，且这种变化是合同订立时无法预见的，那么这种变更可能是有效的。但这一观点在实务中存在争议，且需要具体案件具体分析。
   • 非客观情况变化说：认为如果并非因为客观情况发生变化的背离合同实质性内容的变更，应当被认定为无效。这一观点在实务中更为普遍，且得到了多数司法裁判的支持。

2. 司法裁判案例：

   • 认为有效的案例：如《全国民事审判工作会议纪要》、《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》以及部分最高法民事裁定等，均体现了认为背离合同实质性内容的变更可能有效的观点。但这些案例往往针对的是特定情境下的变更，且需要满足一定的条件。
   • 认为无效的案例：如《全国法院民商事审判工作会议纪要》以及部分最高法民事判决等，均明确认为背离合同实质性内容的变更无效。这些案例更侧重于保护招投标活动的公平性和公正性，防止通过变更合同实质性内容来损害其他投标人的利益。

三、合同实质性内容的认定

1. 实质性条款的定义：根据《民法典》及相关司法解释，合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等条款通常被认定为实质性条款。在施工合同中，具体包括工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。

2. 实质性内容变更的判断标准：

   • 是否影响其他中标人中标：需要综合审查签订目的、时间、内容等是否存在影响其他中标人利益的可能性。
   • 是否较大影响招标人与中标人的权利义务：如变更内容是否较大影响了发承包双方的权利义务，包括工程款支付义务主体、工程范围、建设工期等关键条款。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：一旦背离招投标文件实质性内容的合同被认定为无效，将可能导致合同无法履行、已履行的部分需要恢复原状、赔偿损失等法律后果。同时，还可能面临行政处罚等法律责任。

2. 建议：

   • 严格遵守招投标法律法规：招标人和中标人在订立和履行合同过程中，应严格遵守招投标法律法规的规定，不得背离招投标文件的实质性内容。
   • 加强合同管理：建立健全合同管理制度，明确合同变更的程序和条件，防止因合同变更而引发的法律风险。
   • 及时咨询专业律师：在合同订立和履行过程中遇到法律问题时，应及时咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。

综上所述，招标人和中标人另行订立的背离招投标文件实质性内容的合同，通常被认定为无效。在实务中，应严格遵守相关法律法规的规定，加强合同管理，并在遇到法律问题时及时咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。