工地夜里偷偷施工，一般由生态环境主管部门与综合行政执法部门进行处罚。具体分析如下：
一、生态环境主管部门
根据《中华人民共和国噪声污染防治法》的相关规定，在噪声敏感建筑物集中区域，禁止夜间进行产生噪声的建筑施工作业，但抢修、抢险施工作业，以及因生产工艺要求或者其他特殊需要必须连续施工作业的除外。若因特殊需要必须连续施工作业的，应当取得地方人民政府住房和城乡建设、生态环境主管部门或者地方人民政府指定的部门的证明，并在施工现场显著位置公示或者以其他方式公告附近居民。若工地未按照规定取得证明，在夜间进行产生噪声的建筑施工作业，生态环境主管部门有权责令改正，并处以罚款。
二、综合行政执法部门
在实际操作中，综合行政执法部门也经常承担对夜间违法施工行为的查处职责。例如，贵阳市综合行政执法支队南明区大队就曾依法对辖区一建筑工地夜间违法施工作业行为进行查处，并对其违法行为实施重罚。这表明，综合行政执法部门在维护施工秩序、保护居民生活环境方面发挥着重要作用。
三、其他相关部门
虽然生态环境主管部门和综合行政执法部门是主要的处罚部门，但在某些情况下，其他相关部门也可能参与处罚。例如，如果夜间施工行为同时违反了其他法律法规，如安全生产法规等，那么安全生产监督管理部门等也可能介入处罚。
四、法律后果
对于工地夜里偷偷施工的行为，一旦被发现并查实，将面临严厉的法律后果。根据《中华人民共和国噪声污染防治法》的相关规定，未按照规定取得证明，在噪声敏感建筑物集中区域夜间进行产生噪声的建筑施工作业的，由工程所在地人民政府指定的部门责令改正，处一万元以上十万元以下的罚款；拒不改正的，可以责令暂停施工。
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