员工自离后，公司能否起诉以及以什么名义起诉，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司可能起诉的情形及名义
员工自离导致公司经济损失
- 名义：公司可以以“财产损害赔偿纠纷”或“劳动合同纠纷”为案由，起诉员工要求赔偿因自离造成的经济损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
- 证据准备：公司需收集劳动合同、考勤记录、工作交接资料、经济损失的财务凭证等，以证明员工未按规定流程离职及造成的经济损失。
员工自离后未办理交接手续，影响公司正常运营
- 名义：公司可以以“劳动合同纠纷”为案由，起诉员工要求办理工作交接并赔偿因未交接造成的损失。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条，员工有义务妥善办理工作交接，若因未交接给公司造成损失，应承担赔偿责任。
- 证据准备：公司需提供工作交接清单、未交接事项的证明、因未交接导致的损失凭证等。
员工自离时窃取公司财物或泄露商业秘密
- 名义：公司可以以“侵权责任纠纷”或“商业秘密侵权纠纷”为案由，起诉员工要求返还财物、赔偿损失并承担侵权责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，员工窃取公司财物或泄露商业秘密，构成侵权，应承担相应的法律责任。
- 证据准备：公司需提供财物丢失的证明、商业秘密泄露的证据、监控录像、财务账目异常记录等。
二、公司起诉的流程
- 收集证据：如前所述，公司需收集与员工自离相关的所有证据，包括劳动合同、考勤记录、工作交接资料、经济损失凭证等。
- 核算损失：公司需详细核算因员工自离造成的经济损失，并准备好相关的财务凭证。
- 书写起诉状：起诉状应明确原被告信息、诉讼请求（如要求员工赔偿损失、办理工作交接等）及事实理由。
- 提交材料：向有管辖权的法院（通常是公司所在地法院）提交起诉状和证据材料。
- 参加庭审：法院受理后，会通知开庭时间。公司应按时参加庭审，阐述观点、出示证据，证明损失与离职行为的因果关系。
三、注意事项
- 协商调解优先：在提起诉讼前，公司应先尝试通过协商、调解等方式解决纠纷。若无法达成一致，再考虑诉讼途径。
- 遵循法定程序：公司需严格遵循法定的诉讼程序，确保起诉的合法性和有效性。
- 准备充分证据：证据是诉讼的关键。公司需准备充分的证据来证明自己的主张，否则可能面临败诉的风险。
总结来说，员工自离后，公司能否起诉以及以什么名义起诉，取决于员工自离的具体行为及给公司造成的后果。若员工自离导致公司经济损失、未办理交接手续影响公司正常运营或窃取公司财物、泄露商业秘密等，公司均有权依法提起诉讼。在起诉过程中，公司需遵循法定程序，准备充分的证据来维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。